As seen in#

  1. Z. T. Thornton, T. Tran, M. D. Figgins, J. Huddleston, T. Bedford, F. A. Matsen, and H. K. Haddox. antigen-prime: Simulating coupled genetic and antigenic evolution of influenza virus. bioRxiv, 2026.01.23.701420, 2026.
  2. S. Gunasekera, N. F. Müller, and P. P. Martinez. Phylogenetic network reconstruction reveals reassortment signatures at segment and genotype levels in human Rotavirus A. bioRxiv, 2026.08.11.744215, 2026.
  3. C. A. L. Simonich, T. E. McMahon, G. Juviler, L. Kampman, T. Stevens-Ayers, M. Boeckh, A. L. Greninger, H. Y. Chu, and J. D. Bloom. Complete definition of how antibodies used to prevent RSV are affected by F mutations. bioRxiv, 2026.02.12.705519, 2026.
  4. Z. Pella, J. Moody, S. A. Rodriguez, S. Chandler, H. Smith, A. M. Bartling, K. S. Herzog, S. Uhm, S. R. Stein, P. C. Iwen, E. L. McCutchen, J. L. Kenney, J. Hamik, B. Newman, and J. R. Fauver. Detection and Genomic Characterization of Heartland and Bourbon Viruses in Amblyomma americanum ticks from Nebraska. medRxiv, 2026.08.06.26359924, 2026.
  5. J. Moselen, E. Steinig, A. Darcy, A. Dofai, A. Manele, B. Lauri, C. Joshua, P. Mauruwai, A. Aziz, P. F. Horwood, N. Orlando, L. Caly, N. Karan, J. Solomon, and C. K. Lim. Dengue virus in Solomon Islands 2023-2025: a whole genome surveillance study. medRxiv, 2026.06.30.26356797, 2026.
  6. J. Bahl, M. H. M. Mubassir, S. Subedi, T. Rajamand, M. Bakheet, L. Carmola, S. Peng, R. Kandel, G. Stott, R. Woods, S. Tompkins, and G.-J. Boons. Standing HA phenotypic breadth shapes H5N1 cross-host potential. Research Square, 2026.
  7. L. Ulloa-Zepeda, E. Parker, C. Pavez, and M. C. Vial. Genomic Surveillance of Andes Virus Uncovers Hidden Diversity in Chile. SSRN, 2026.
  8. W. E. W. Schravesande, P. M. de Heer, M. Heilijgers, J. Carrillo-Reche, A. Verhage, and H. A. van den Burg. Asynchronous Viral Spread of Two Unrelated Viruses Determines Lettuce Big Vein Disease Symptom Development. Phytopathology®, 116(4):658–667, 2026.
  9. P. Slavin and G. M. Fiol. The introduction and spread of plague in the Great Lakes region of East Africa, c.1700–1900: a palaeogenetic and social history. Social History, 51(2):107–140, 2026.
  10. A. S. Jaeger, E. Cruz-Adames, S. D. Shank, I. Chupikova, K. Kumta, E. Anis, and L. H. Moncla. Within- and between-host dynamics of highly pathogenic avian influenza in domestic birds from Pennsylvania farms and live bird markets. bioRxiv, 2026.07.17.739193, 2026.
  11. L. d. Moraes, A. L. d. Alencar, M. Brusselmans, D. d. S. Candido, N. R. Faria, S. Dellicour, P. Lemey, and R. Khouri. Better data, better trees: GenBank-GISAID deduplication and source-specific artifact masking in viral genomics. bioRxiv, 2026.06.12.731931, 2026.
  12. X. Li, S. Tamim, G. Dudas, A. Perofsky, and N. S. Trovao. Phylodynamic Analysis of the Global Dispersal and Spatiotemporal Dynamics of HIV-1 Subtype C. bioRxiv, 2026.06.03.729861, 2026.
  13. L. A. Krasilnikova, L. Bouton, T. M. Brock-Fisher, E. Decker, M. Godec, Z. Thompson, E. Dart, F. Gao, A. Gladden-Young, K. S. Messer, J. Norville, I. Specht, A. Osinski, J. Li, C. Lones, K. C. DeRuff, K. J. Siddle, D. Church, C. Benton, K. Hansen, H. Bowen, S. Bhattacharyya, N. Epie, C. M. Brown, L. C. Madoff, B. L. MacInnis, G. R. Gallagher, S. Smole, C. Bean, E. A. Talbot, M. Burns, M. Doucette, E. Fortes, D. J. Park, P. C. Sabeti, and S. Wohl. Genomic epidemiology as a tool for understanding drivers of hepatitis A community outbreaks in Massachusetts and New Hampshire. medRxiv, 2026.05.14.26352933, 2026.
  14. A. K. O. Campbell, J. D. Sandi, I. F. Omah, M. Faye, E. Parker, T. Brock-Fisher, C. M. Gigante, V. Folorunso, M. S. Kamara, A. J. Williams, M. Kane, T. M. P. S. Kallon, J. Campbell, K. S. Sesay, S. Mani, C. Miller, N. D. Sesay, F. Baimba, M. Ndiaye, R. Lansana, I. U. Fofanah, S. Ruhweza, Z. Souma, A. Kargbo, K. Koninga, A. Tia, J. Ngobeh, F. Thoronka, A. Fofanah, A. Ozonoff, C. Wilkason, D. Park, C. Tomkins-Tinch, M. F. Paye, C. Shin, I. Baudi, B. Blumenstiel, P. Varilly, I. Specht, B. Fry, K. Zhao, P. Cronan, E. Laning, O. O. Ope-ewe, A. E. Sijuwola, F. Saibu, H. Soumare, E. K. Ogundana, R. O. Obaado, J. A. Adole, I. K. Kio, F. A. Njeandoh, A. Tuttle, W. O. Oguta, J. Greene, A. Koroma, J. Kanu, M. A. Barry, A. Gaye, A. M. Diouf, C. Hughes, J. I. Levy, A. N’jai, M. M. Diagne, D. Nosamiefan, G. Ameh, J. Klena, M. A. Foster, A. Kebede, C. Tanui, B. Diallo, A. Happi, S. Tessema, A. Sow, Y. Kebede, I. Wurie, J. Squire, D. Harding, Z. Koroma, M. B. Jalloh, A. A. Sall, K. G. Andersen, A. Rambaut, M. A. Vandi, I. S. Fall, P. Sabeti, C. Happi, F. Sahr, and D. S. Grant. Genomic epidemiology of the 2025 mpox epidemic in Sierra Leone. Nature Medicine, 32(5):1917–1926, 2026.
  15. S. H. Li, B. Wang, G. Jo, A. Mikelov, R. K. Atkinson, V. L. Sage, C. Furey, J. T. Ort, N. Ye, S. Gang, R. Shah, J. J. S. Santos, K. Röltgen, S. A. Joshi, J.-Y. Lee, T. A. Pursell, E. M. Drapeau, J. Han, A. P. Callear, R. G. Collman, A. S. Monto, E. T. Martin, S. S. Lakdawala, A. B. Ward, I. A. Wilson, S. D. Boyd, and S. E. Hensley. Childhood immunological imprinting of cross-subtype antibodies targeting the hemagglutinin head domain of influenza viruses. Cell Host & Microbe, 34(5):873–887.e11, 2026.
  16. E. Bourgikos, S. Dellicour, P. Lemey, N. M. Feriancek, A. B. Bransfield, M. I. Breban, M. J. Misencik, T. A. Petruff, J. J. Shepard, T. G. Andreadis, J. F. Anderson, K. A. Ngo, J. G. Maffei, A. P. Dupuis, S. M. Rich, G. Xu, G. Sakolsky, K. J. Price, M. L. Metzger, M. A. Suchard, R. Lopes, F. Gámbaro, C. J. Carlson, G. Baele, A. T. Ciota, C. B. F. Vogels, V. Hill, P. M. Armstrong, and N. D. Grubaugh. Evolutionary history of Jamestown Canyon virus reveals complex multi-vector ecology. Current Biology, 36(9):2343–2356.e7, 2026.
  17. M. I. Paredes, C. Liang, S.-c. Suen, I. W. Holloway, J. M. Garrigues, N. M. Green, T. Bedford, N. F. Müller, and J. Osmundson. Viral introductions and return to baseline sexual behaviors maintain low-level mpox incidence in Los Angeles. Nature Communications, 17:5376, 2026.
  18. L. Damodaran, J. A. Lewnard, G. S. Davis, S. Y. Tartof, L. H. Moncla, and N. F. Müller. Frequent seasonal reassortment between high and low path viruses drives the diversification of influenza A/H5N1. bioRxiv, 2026.04.17.719307, 2026.
  19. G. K. Moreno, T. Brock-Fisher, L. A. Krasilnikova, S. F. Schaffner, M. Burns, C. E. Casiello, K. S. Messer, B. Petros, I. Specht, K. C. DeRuff, K. J. Siddle, C. Loreth, N. A. Fitzgerald, H. M. Rooke, S. B. Gabriel, S. Smole, S. Wohl, D. J. Park, L. C. Madoff, C. M. Brown, B. L. MacInnis, and P. C. Sabeti. Genomic surveillance reveals age-structured SARS-CoV-2 transmission across demographics and settings. medRxiv, 2025.04.04.25324273, 2026.
  20. K. Gangavarapu, X. Ji, Y. Shao, A. Rambaut, P. Lemey, G. Baele, and M. A. Suchard. Tensor Cores Unlock Efficient and Lower-Energy Massive Parallelization on Phylogenetic Trees. Systematic Biology, syag017, 2026.
  21. L. M. Huggins, R. Sidebottom, W. Johnson, K. Schwalm, K. Culbreath, J. Young, M. Brett, D. L. Dinwiddie, and D. Domman. Genomic analysis of Klebsiella aerogenes circulating in New Mexico. Microbial Genomics, 12(2):001650, 2026.
  22. J. E. Pekar, K. Gangavarapu, A. Crespo-Bellido, T. P. Peacock, J. O. Wertheim, G. Dudas, J. B. Joy, M. Chand, F. Débarre, P. Gangavarapu, D. H. Goldhill, N. Groves, X. Ji, L. M. Serrano, L. Moncla, A. L. Rasmussen, C. Ruis, D. Venkatesh, M. U. G. Kraemer, O. G. Pybus, K. G. Andersen, M. A. Suchard, M. I. Nelson, P. Lemey, M. Worobey, and A. Rambaut. The emergence and molecular evolution of H5N1 influenza viruses in United States dairy cattle. bioRxiv, 2026.03.30.713641, 2026.
  23. J. A. Hassard, J. Yang, B. Dadonaite, J. E. Pekar, J. Yu, S. A. S. Richardson, R. M. Pinto, K. R. Valdez, P. Lemey, J. L. Quantrill, J. Xue, T. Masonou, K.-M. Case, J. Ajeian, M. N. J. Woodall, R. A. Ross, N. Hudson, K. Zhong, H. Cao, S. Jones, H. J. Klim, B. R. Wasik, D. N. Dermawan, J.-R. Sadeyen, D. Werling, D. Yaffy, J. James, A. Nunez, P. Digard, I. H. Brown, D. H. Goldhill, P. R. Murcia, C. M. Smith, Y. Liu, J. D. Bloom, M. Iqbal, W. S. Barclay, S. M. Haslam, and T. P. Peacock. Bovine H5N1 influenza viruses have adapted to more efficiently use receptors abundant in cattle. bioRxiv, 2026.04.02.715584, 2026.
  24. M. H. Chitwood, I. Rancu, Y. Song, B. I. Potter, Y. T. Chew, N. Ciobanu, V. Crudu, C. Colijn, T. Cohen, and B. Sobkowiak. The global phylogeography of rapidly expanding multidrug resistant Ural lineage 4.2 Mycobacterium tuberculosis. Nature Communications, 17:4654, 2026.
  25. V. L. Sage, M. N. Vu, M. A. Maltepes, S. Wang, B. A. Snow, G. A. Merrbach, A. J. Benton, K. E. Zirckel, S. E. Petnuch, C. N. Marble, L. H. Rigatti, J. C. Paulson, E. M. Drapeau, A. K. McElroy, S. E. Hensley, L. H. Moncla, and S. S. Lakdawala. Fatal human H3N8 influenza virus has a moderate pandemic risk. PLOS Pathogens, 22(3):e1013586, 2026.
  26. M. Scotch, T. O. Faleye, A. Urquidez-Negrete, B. Bobbett, V. Boyle, K. Conard, L. Sublasky-Rodriguez, and V. Murugan. Influenza A(H3N2) subclade K (J.2.4.1) viruses associated with a surge at a university health clinic, Arizona, the United States, November to early December 2025. Eurosurveillance, 31(7):2600111, 2026.
  27. M. Smičius, I. Olendraitė, J. Bačelis, A. Šimaitis, M. Gabrielaitė, B. B. Oude Munnink, R. S. Sikkema, A. Stankevičius, Ž. Janeliūnas, P. Bušauskas, E. Pumputis, S. Pilevičienė, P. Mačiulskis, M. Masiulis, V. Paulauskas, S. Ščeponavičienė, M. Katėnaitė, R. Norvilas, L. Raugienė, R. Jonikas, I. Nasvytienė, Ž. Žemeckienė, K. Tamušauskaitė, M. Norkienė, E. Vasiliūnaitė, D. Žiogienė, A. Timinskas, M. Šukys, M. Šarauskas, D. Juozapaitė, D. Naumovas, A. Pautienius, A. Vitkauskienė, R. Ugenskienė, A. Gedvilaitė, D. Čereškevičius, L. Griškevičius, M. Koopmans, A. Malakauskas, and G. Dudas. Anthropozoonotic spillovers reveal sustained long-term cryptic circulation of SARS-CoV-2 within and between Lithuanian mink farms. Virus Evolution, 12(1):veag014, 2026.
  28. G. Mboowa, N. L. Matteson, C. K. Tanui, M. Kasonde, G. K. Kamwiziku, O. A. Akanbi, J. J. E. Chitio, M. Kagoli, R. G. Essomba, A. Ayitewala, I. Ssewanyana, V. J. Ngo Bitoungui, A. A. Amuri, A. S. Azman, O. A. Babatunde, B. M. Akenji, A. Broban, E. B. Malembaka, F. Ongole, C. E. Chukwu, N. Ismael, O. Kapona, O. Laurindo, P. K. Mbala, G. A. Etoundi Mballa, I. C. Z. Miambo, A. A. Mwanyongo, G. Najjuka, J. Mutale, K. Musonda, A. M. Niyonzima, M. E. Nyenje, M. Popoola, D. M. Shempela, C. M. Sike, S. M. Sitoe, D. W. Wanjohi, P. O. Welo, M. Yelewa, S. Yennan, L. Ziba, J. E. Bitilinyu-Bangoh, R. Chilengi, H. Hadja, J. Idris, J. P. M. Langa, D. Mukadi-Bamuleka, S. Nabadda, A. K. Debes, D. A. Sack, Y. K. Tebeje, S. Wohl, and S. K. Tessema. Multicountry genomic analysis underscores regional cholera spread in Africa. Nature Communications, 17:2539, 2026.
  29. M. Jasnauskaitė, J. Juozapaitis, T. Liegutė, R. Grigaitis, A. Skorupskaitė, W. Steinchen, A. Mikšys, L. Truncaitė, K. Kazlauskaitė, M. F. Torres Jiménez, S. Khochare, G. Dudas, G. Bange, L. Malinauskaitė, I. Songailienė, and P. Pausch. Structure and mechanism of antiphage retron Eco2. Nature Structural & Molecular Biology, 33(2):330–340, 2026.
  30. J. Weber, N. L. D. Ponse, X. Zhu, M. R. Carrasco, A. X. Han, M. Funk, T.-H. Lin, A. G. García, C. M. Spruit, D. Zhang, W. Yu, I. A. Wilson, M. Richard, G.-J. Boons, and R. P. d. Vries. The receptor binding properties of H5Ny influenza A viruses have evolved to bind to avian-type mucin-like O-glycans. PLOS Pathogens, 22(1):e1013812, 2026.
  31. S. Freed, S. Chandler, S. Uhm, Z. Pella, D. Gurung, H. Smith, T. Dowdy, A. M. Bartling, A. Butz, M. R. Wiley, M. J. Broadhurst, S. Stein, E. L. McCutchen, J. Hamik, P. C. Iwen, N. Downey, K. S. Herzog, and J. R. Fauver. Genomic characterization of a severe West Nile Virus transmission season using a single reaction amplicon sequencing approach. PLOS Neglected Tropical Diseases, 20(1):e0013931, 2026.
  32. M. Chen-Germán, C. González, D. Araúz, C. Aguilar, M. Vega, O. Chavarria, A. Moreno, E. Santiago, D. Franco, E. Valdespino, J. Gondola, M. Pinedo, D. Espino, T. Salcedo, L. Franco, N. Obaldía, B. Armien, A. A. Martínez, and B. Moreno. Detection of Oropouche and Punta Toro Virus Infections by Enhanced Surveillance, Panama, 2023–2024. Emerging Infectious Diseases, 32(1):114–117, 2026.
  33. R. Rivero, V. Tique-Salleg, D. Echeverri-De la Hoz, L. Damodaran, D. Paternina, M. Santos-Vega, D. Torres-Hernández, D. Davalos, E. López-Medina, M. I. Breban, G. Arrieta, J. Miranda, V. Hill, N. D. Grubaugh, and S. Mattar. Genomic epidemiology of dengue virus 2 and 3 reveals repeated introductions and exportations of several lineages in Colombia. Cell Reports, 45(1):116844, 2026.
  34. Á. O’Toole, E. Kinganda-Lusamaki, R. Colquhoun, C. Chato, E. Scher, C. Kent, S. Wilkinson, J. Quick, N. Loman, A. T. Duggan, P. Mbala, and A. Rambaut. Human outbreak detection and best practice MPXV analysis and interpretation with squirrel. Virus Evolution, 12(1):veaf095, 2026.
  35. K. Kistler and T. Bedford. Seasonal Influenza Viruses Show Distinct Adaptive Dynamics During Growth in Chicken Eggs. Molecular Biology and Evolution, 42(10):msaf227, 2025.
  36. G. Baele, L. M. Carvalho, M. Brusselmans, G. Dudas, X. Ji, J. T. McCrone, P. Lemey, M. A. Suchard, and A. Rambaut. HIPSTR: highest independent posterior subtree reconstruction in TreeAnnotator X. Bioinformatics, 41(10):btaf488, 2025.
  37. M. Scotch, T. O. C. Faleye, J. M. Wright, S. Finnerty, R. U. Halden, and A. Varsani. Campus-based genomic surveillance uncovers early emergence of a future dominant A(H3N2) influenza clade. iScience, 28(12):113941, 2025.
  38. N. F. Müller, R. R. Wick, L. M. Judd, D. A. Williamson, T. Bedford, B. P. Howden, S. Duchêne, and D. J. Ingle. Quantifying plasmid movement in drug-resistant Shigella species using phylodynamic inference. PLOS Pathogens, 21(12):e1013621, 2025.
  39. L. Damodaran, A. S. Jaeger, and L. H. Moncla. Ecology and spread of the North American H5N1 epizootic. Nature, 649(8096):432–441, 2025.
  40. H. G. Castelán-Sánchez and A. F. Y. Poon. Phylogenetic discordance can substantially overestimate genomic reassortment in avian influenza virus. bioRxiv, 2025.02.24.639875, 2025.
  41. J. E. Pekar, S. Lytras, M. Ghafari, A. F. Magee, E. Parker, Y. Wang, X. Ji, J. L. Havens, A. Katzourakis, T. I. Vasylyeva, M. A. Suchard, A. C. Hughes, J. Hughes, A. Rambaut, D. L. Robertson, S. Dellicour, M. Worobey, J. O. Wertheim, and P. Lemey. The recency and geographical origins of the bat viruses ancestral to SARS-CoV and SARS-CoV-2. Cell, 188(12):3167–3183.e18, 2025.
  42. A. Sodeinde, E. Finch, K. Li, M. I. Breban, E. Bourgikos, B. L. Nolan, N. M. Feriancek, I. M. Ott, J. W. Bakker, V. Hill, P. A. Ross, X. Gu, A. T. Huang, H. Salje, N. D. Grubaugh, and C. B. F. Vogels. Heterogeneity in inhibition of genetically diverse dengue virus strains by Wolbachia. bioRxiv, 2025.09.18.677129, 2025.
  43. P. Varilly, M. Schifferli, K. Yang, T. Burcham, P. Cronan, O. Glennon, O. Jacks, E. Laning, L. Marrs, K. Oba, S. Yeung, E. Parker, I. Omah, J. E. Pekar, L. Luebbert, K. G. Andersen, D. J. Park, S. F. Schaffner, B. L. MacInnis, C. Happi, J. E. Lemieux, A. Ozonoff, M. D. Mitzenmacher, B. Fry, and P. C. Sabeti. Delphy: scalable, near-real-time Bayesian phylogenetics for outbreaks. bioRxiv, 2025.03.25.645253, 2025.
  44. P. Gangavarapu, J. M. Abdo, E. Parker, M. Zeller, R. Robles-Sikisaka, E. Kurzban, S. Perkins, M. Schwab, K. Nguyen, M. McGraw, K. Ramesh, C. Anderson, N. A. Rasheed, R. H. Isa, S. M. Taher, K. Gangavarapu, and K. G. Andersen. Cryptic spread of SARS-CoV-2 undermined targeted travel restrictions. medRxiv, 2025.08.29.25334701, 2025.
  45. C. N. Malaka, L. V. Patrono, T. B. Tombolomako, E. Farra, O. Sibiro, S. Garba-Ouangolé, B. Selekon, C. G. Lemon, F. Mbrenga, A. Soumah, J. Lorke, A. Düx, J. H. Semdouto, F. S. S. Niatou, J. K. Kandou, M. Raphaël, J. M. Moyen, E. Kalthan, E. Sako, A. Ngbeadego-Soukoudoupou, O. A. Kpahina, P. Lemey, Á. O’Toole, A. Rambaut, P. Somse, S. Calvignac-Spencer, E. Nakoune, F. H. Leendertz, and Y. Boum. Genomic epidemiology of clade Ia monkeypox viruses circulating in the Central African Republic in 2022–24: a retrospective cross-sectional study. The Lancet Microbe, 6(10):101173, 2025.
  46. P. C. Dishuck, K. M. Munson, A. P. Lewis, M. L. Dougherty, J. G. Underwood, W. T. Harvey, P. Hsieh, T. Pastinen, and E. E. Eichler. Structural variation, selection, and diversification of the NPIP gene family from the human pangenome. Cell Genomics, 5(10):100977, 2025.
  47. L. Lyu, M. Gill, G. Stott, S. Subedi, C. Dailey, G. Veytsel, M. Alabady, K. Fujimoto, R. Penn, P. Brown, R. Sealy, and J. Bahl. Tracing SARS-CoV-2 clusters across local scales using genomic data. Proceedings of the National Academy of Sciences, 122(32):e2501435122, 2025.
  48. E. Akin, D. A. Villafuerte, A. P. Werner, M. Pinsley, A. Fall, O. Abdullah, J. M. Norton, R. E. Rothman, K. Z. J. Fenstermacher, Y.-N. Gong, E. Klein, H. H. Mostafa, and A. Pekosz. Emergence of an Antigenically Drifted and Reassorted Influenza B Virus at the end of the 2024-25 Influenza Season. bioRxiv, 2025.07.24.666632, 2025.
  49. J. Y. Siegers, R. Xie, A. M. P. Byrne, K. M. Edwards, S. Hu, S. Yann, S. Sin, S. Tok, K. Chea, S. Horm, C. Rith, S. Keo, L. Pum, V. Duong, H. Auerswald, Y. Phou, S. Kol, A. Spiegel, R. Harvey, S. Tum, S. Sorn, B. Seng, Y. Sengdoeurn, C. Darapheak, C. Savuth, M. Hak, V. Ieng, S. Patel, P. Thielen, F. F. Claes, N. S. Lewis, L. Sovann, V. Dhanasekaran, and E. A. Karlsson. Emergence of a Novel Reassortant Clade 2.3.2.1c Avian Influenza A/H5N1 Virus Associated with Human Cases in Cambodia. medRxiv, 2024.11.04.24313747, 2025.
  50. B. R. Wasik, L. Damodaran, M. A. Maltepes, I. E. H. Voorhees, C. M. Leutenegger, S. Newbury, L. H. Moncla, B. D. Dalziel, L. B. Goodman, and C. R. Parrish. The evolution and epidemiology of H3N2 canine influenza virus after 20 years in dogs. Epidemiology & Infection, 153:e47, 2025.
  51. B. B. Larsen, T. McMahon, J. T. Brown, Z. Wang, C. E. Radford, J. E. Crowe, D. Veesler, and J. D. Bloom. Functional and antigenic landscape of the Nipah virus receptor-binding protein. Cell, 188(9):2480–2494.e22, 2025.
  52. J. E. Pekar, Y. Wang, J. C. Wang, Y. Shao, F. Taki, L. A. Forgione, H. Amin, T. Clabby, K. Johnson, L. V. Torian, S. L. Braunstein, P. Pathela, E. Omoregie, S. Hughes, M. A. Suchard, T. I. Vasylyeva, P. Lemey, and J. O. Wertheim. Transmission dynamics of the 2022 mpox epidemic in New York City. Nature Medicine, 31(5):1464–1473, 2025.
  53. K. Pham, C. Chaguza, R. Lopes, T. Cohen, E. Taylor-Salmon, M. Wilkinson, V. Katebi, N. D. Grubaugh, and V. Hill. Large-Scale Genomic Analysis of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 Emergence, United States. Emerging Infectious Diseases, 31(13):45–56, 2025.
  54. D. Jorgensen, M. Pons-Salort, M. Salman, A. Khurshid, Y. Arshad, N. Mahmood, D. da Silva Candido, S. Kroiss, H. Lyons, N. C. Grassly, and M. M. Alam. Evolution and transmission dynamics of wild poliovirus in Pakistan and Afghanistan (2012-2023). Nature Communications, 16(1):5170, 2025.
  55. L. M. Mendoza, E. M. Anderson, A. S. Leonard, A. G. McFarland, J. T. Ort, N. Tanenbaum, A. Durosinmi, F. D. Bushman, L. J. Glaser, I. Nachamkin, and S. E. Hensley. Antigenic Characterization of H1N1 Influenza Viruses That Circulated During the 2019–2020 Season in Philadelphia, Pennsylvania. Influenza and Other Respiratory Viruses, 19(6):e70104, 2025.
  56. C. Kikawa, A. N. Loes, J. Huddleston, M. D. Figgins, P. Steinberg, T. Griffiths, E. M. Drapeau, H. Peck, I. G. Barr, J. A. Englund, S. E. Hensley, T. Bedford, and J. D. Bloom. High-throughput neutralization measurements correlate strongly with evolutionary success of human influenza strains. eLife, 14, 2025.
  57. E. Parker, I. F. Omah, D. D. Djuicy, A. Magee, C. H. Tomkins-Tinch, J. R. Otieno, P. Varilly, A. O. Ayinla, A. E. Sijuwola, M. I. Ahmed, O. O. Ope-Ewe, O. A. Ogunsanya, A. Olono, F. M. Saibu, P. Eromon, M. H. Moumbeket Yifomnjou, L. L. Messanga Essengue, M. G. W. Yonga, G. D. Essima, I. P. Touoyem, L. J. M. Mounchili, S. I. Eyangoh, A. G. M. Etoundi, L. Esso, I. M. E. Nguidjol, S. F. Metomb, C. Chebo, S. M. Agwe, H. M. Mossi, C. N. Bilounga, O. Akanbi, A. Egwuenu, O. Ehiakhamen, C. Chukwu, K. Suleiman, A. Akinpelu, A. Ahmad, K. I. Imam, R. Ojedele, V. Oripenaye, K. Ikeata, S. Adelakun, B. Olajumoke, Á. O’Toole, M. Zeller, K. Gangavarapu, D. J. Park, G. Mboowa, S. K. Tessema, Y. K. Tebeje, O. Folarin, A. Happi, P. Lemey, M. A. Suchard, K. G. Andersen, P. Sabeti, A. Rambaut, C. Ihekweazu, I. Jide, I. Adetifa, R. Njouom, and C. T. Happi. Genomics reveals zoonotic and sustained human mpox spread in West Africa. Nature, 643(8074):1343–1351, 2025.
  58. R. Liang, F. Peccati, N. L. D. Ponse, E. Uslu, A. J. H. de Rooij, A. X. Han, G.-J. Boons, L. Unione, and R. P. de Vries. Epistasis in the receptor-binding domain of contemporary H3N2 viruses that reverted to bind sialylated di-LacNAc repeats. Cell Reports, 44(8):116007, 2025.
  59. M. I. Paredes, A. C. Perofsky, L. Frisbie, L. H. Moncla, P. Roychoudhury, H. Xie, S. A. M. Bakhash, K. Kong, I. Arnould, T. V. Nguyen, S. T. Wendm, P. Hajian, S. Ellis, P. C. Mathias, A. L. Greninger, L. M. Starita, C. D. Frazar, E. Ryke, W. Zhong, L. Gamboa, M. Threlkeld, J. Lee, J. Stone, E. McDermot, M. Truong, J. Shendure, H. N. Oltean, C. Viboud, H. Chu, N. F. Müller, and T. Bedford. Local-scale phylodynamics reveal differential community impact of SARS-CoV-2 in a metropolitan US county. PLOS Pathogens, 20(3):e1012117, 2024.
  60. G. M. Fiol, F. Lemoine, D. Mornico, G. Bouvier, A. A. Valtueña, S. Duchene, P. Campagne, C. Balière, A. Kwasiborski, V. Caro, R. Beau, C. Savin, M. Céspedes, M. Rajerison, J.-C. Shako, E. Carniel, P. Slavin, N. Rascovan, and J. Pizarro-Cerdá. Global evolutionary patterns of Yersinia pestis and its spread into Africa. bioRxiv, 2024.11.26.625443, 2024.
  61. M. Brusselmans, L. M. Carvalho, S. L. Hong, J. Gao, F. A. Matsen IV, A. Rambaut, P. Lemey, M. A. Suchard, G. Dudas, and G. Baele. On the importance of assessing topological convergence in Bayesian phylogenetic inference. Virus Evolution, 10(1):veae081, 2024.
  62. M. Kosuge, J. Ito, and M. Hamada. Landscape of evolutionary arms races between transposable elements and KRAB-ZFP family. Scientific Reports, 14(1):23358, 2024.
  63. M. Farjo, K. Koelle, M. A. Martin, L. L. Gibson, K. K. O. Walden, G. Rendon, C. J. Fields, F. G. Alnaji, N. Gallagher, C. H. Luo, H. H. Mostafa, Y. C. Manabe, A. Pekosz, R. L. Smith, D. D. McManus, and C. B. Brooke. Within-host evolutionary dynamics and tissue compartmentalization during acute SARS-CoV-2 infection. Journal of Virology, 98(1):e01618–23, 2024.
  64. A. V. Demirev, S. Lee, S. Park, H. Kim, S. Cho, K. Lee, K. Kim, J.-W. Song, M.-S. Park, and J. I. Kim. Exploring the Genetic Diversity and Molecular Evolution of Seoul and Hantaan Orthohantaviruses. Viruses, 16(1):105, 2024.
  65. H. N. Oltean, A. Black, S. M. Lunn, N. Smith, A. Templeton, E. Bevers, L. Kibiger, M. Sixberry, J. B. Bickel, J. P. Hughes, S. Lindquist, J. G. Baseman, and T. Bedford. Changing genomic epidemiology of COVID-19 in long-term care facilities during the 2020–2022 pandemic, Washington State. BMC Public Health, 24(1):182, 2024.
  66. H. S. Bouzidi, J.-S. Driouich, R. Klitting, O. Bernadin, G. Piorkowski, R. Amaral, L. Fraisse, C. E. Mowbray, I. Scandale, F. Escudié, E. Chatelain, X. de Lamballerie, A. Nougairède, and F. Touret. Generation and evaluation of protease inhibitor-resistant SARS-CoV-2 strains. Antiviral Research, 222:105814, 2024.
  67. Y. Butera, L. Mutesa, E. Parker, R. Muvunyi, E. Umumararungu, A. Ayitewala, J. P. Musabyimana, A. Olono, P. Sesonga, O. Ogunsanya, E. Kabalisa, O. Adedokun, N. Gahima, L. Irankunda, C. Mutezemariya, R. Niyonkuru, A. Uwituze, I. Uwizera, J. Kagame, A. Umugwaneza, J. Rwabuhihi, F. Umwanankabandi, V. Mbonitegeka, E. Ntagwabira, E. Kayigi, G. Izuwayo, H. Murenzi, T. Mukankwiro, N. Tuyiringire, J. M. V. Uwimana, A. Gasengayire, R. Sindayiheba, G.-U. Onyeugo, M. Aragaw, L. Gitundu, R. Bigirimana, M. Fallah, A. Ejikeme, S. Sembuche, A. Kabanda, J. C. Mugisha, E. E. S. Francis, P. Gashema, J. Ndayisenga, A. Rugamba, F. Kanyabwisha, G. Murenzi, A. Happi, J. C. S. Ngabonziza, M. Gashegu, A. Ahmed, N. Bigirimana, E. Rwagasore, M. Semakula, J. P. Rwabihama, C. Musanabaganwa, E. Seruyange, M. Nkeshimana, T. Twagirumugabe, D. Turatsinze, E. Remera, N. Gahamanyi, S. K. Tessema, I. Mukagatare, S. Nsanzimana, C. Happi, and C. M. Muvunyi. Genomic and transmission dynamics of the 2024 Marburg Virus Outbreak in Rwanda. Nature Medicine, 31(2):422–426, 2024.
  68. M. I. Paredes, N. Ahmed, M. Figgins, V. Colizza, P. Lemey, J. T. McCrone, N. Müller, C. Tran-Kiem, and T. Bedford. Underdetected dispersal and extensive local transmission drove the 2022 mpox epidemic. Cell, 187(6):1374–1386.e13, 2024.
  69. B. I. Potter, M. Thijssen, N. S. Trovão, A. Pineda-Peña, M. Reynders, T. Mina, C. Alvarez, S. Amini-Bavil-Olyaee, F. Nevens, P. Maes, P. Lemey, M. Van Ranst, G. Baele, and M. R. Pourkarim. Contemporary and historical human migration patterns shape hepatitis B virus diversity. Virus Evolution, 10(1):veae009, 2024.
  70. K. Gangavarapu, X. Ji, G. Baele, M. Fourment, P. Lemey, F. A. Matsen, IV, and M. A. Suchard. Many-core algorithms for high-dimensional gradients on phylogenetic trees. Bioinformatics, 40(2):btae030, 2024.
  71. A. M. Casto, M. I. Paredes, J. C. Bennett, K. G. Luiten, J. O’Hanlon, P. D. Han, L. S. Gamboa, E. McDermot, M. Truong, G. S. Gottlieb, Z. Acker, C. R. Wolf, A. Magedson, N. K. Lo, D. McDonald, T. C. Wright, K. M. McCaffrey, M. D. Figgins, J. A. Englund, M. Boeckh, C. M. Lockwood, D. A. Nickerson, J. Shendure, T. M. Uyeki, L. M. Starita, T. Bedford, H. Y. Chu, and A. A. Weil. SARS-CoV-2 diversity and transmission on a university campus across two academic years during the pandemic. medRxiv, 2024.02.29.24303285, 2024.
  72. J.-Y. Kim, S. Jeong, D.-W. Kim, D.-W. Lee, D.-H. Lee, D. Kim, and J.-H. Kwon. Genomic epidemiology of highly pathogenic avian influenza A (H5N1) virus in wild birds in South Korea during 2021–2022: Changes in viral epidemic patterns. Virus Evolution, 10(1):veae014, 2024.
  73. C. B. F. Vogels, V. Hill, M. I. Breban, C. Chaguza, L. M. Paul, A. Sodeinde, E. Taylor-Salmon, I. M. Ott, M. E. Petrone, D. Dijk, M. Jonges, M. R. A. Welkers, T. Locksmith, Y. Dong, N. Tarigopula, O. Tekin, S. Schmedes, S. Bunch, N. Cano, R. Jaber, C. Panzera, I. Stryker, J. Vergara, R. Zimler, E. Kopp, L. Heberlein, K. S. Herzog, J. R. Fauver, A. M. Morrison, S. F. Michael, and N. D. Grubaugh. DengueSeq: a pan-serotype whole genome amplicon sequencing protocol for dengue virus. BMC Genomics, 25(1):433, 2024.
  74. D. M. Maloney, G. Fernandes, S. Jasim, T. Williams, S. Namugenyi, M. Carr, J. R. Meyer, A. Sharma, L. Marshal, B. E. Nunley, H. Xie, M. Carvajal, H. D. Kunerth, Á. O'Toole, A. Weixler, K. R. Lanter, G. Gonzalez, J. Sereewit, R. Guevara, S. Astbury, P. M. Fanning, D. Benítez, J. C. Fernandez, P. Cárdenas, D. Hare, A. Greninger, T. Williams, G. Nebbia, A. C. Fries, P. McClure, P. Roychoudhury, X. Wang, S. Saha, R. Dewar, K. E. Templeton, and A. Rambaut. ARTIC RSV amplicon sequencing reveals global RSV genotype dynamics. bioRxiv, 2024.08.23.609324, 2024.
  75. V. Hill, S. Cleemput, J. S. Pereira, R. J. Gifford, V. Fonseca, H. Tegally, A. F. Brito, G. Ribeiro, V. C. d. Souza, I. C. Brcko, I. S. Ribeiro, I. T. T. D. Lima, S. N. Slavov, S. C. Sampaio, M. C. Elias, V. T. Tran, D. T. H. Kien, T. Huynh, S. Yacoub, I. Dieng, R. Salvato, G. L. Wallau, T. S. Gregianini, F. M. S. Godinho, C. B. F. Vogels, M. I. Breban, M. Leguia, S. Jagtap, R. Roy, C. Hapuarachchi, G. Mwanyika, M. Giovanetti, L. C. J. Alcantara, N. R. Faria, C. V. F. Carrington, K. A. Hanley, E. C. Holmes, W. Dumon, A. R. J. Lima, T. d. Oliveira, and N. D. Grubaugh. A new lineage nomenclature to aid genomic surveillance of dengue virus. PLOS Biology, 22(9):e3002834, 2024.
  76. A. Crits-Christoph, J. I. Levy, J. E. Pekar, S. A. Goldstein, R. Singh, Z. Hensel, K. Gangavarapu, M. B. Rogers, N. Moshiri, R. F. Garry, E. C. Holmes, M. P. G. Koopmans, P. Lemey, T. P. Peacock, S. Popescu, A. Rambaut, D. L. Robertson, M. A. Suchard, J. O. Wertheim, A. L. Rasmussen, K. G. Andersen, M. Worobey, and F. Débarre. Genetic tracing of market wildlife and viruses at the epicenter of the COVID-19 pandemic. Cell, 187(19):5468–5482.e11, 2024.
  77. A. N. Loes, R. A. L. Tarabi, J. Huddleston, L. Touyon, S. S. Wong, S. M. S. Cheng, N. H. L. Leung, W. W. Hannon, T. Bedford, S. Cobey, B. J. Cowling, and J. D. Bloom. High-throughput sequencing-based neutralization assay reveals how repeated vaccinations impact titers to recent human H1N1 influenza strains. Journal of Virology, 98(10):e00689–24, 2024.
  78. B. Dadonaite, J. J. Ahn, J. T. Ort, J. Yu, C. Furey, A. Dosey, W. W. Hannon, A. L. V. Baker, R. J. Webby, N. P. King, Y. Liu, S. E. Hensley, T. P. Peacock, L. H. Moncla, and J. D. Bloom. Deep mutational scanning of H5 hemagglutinin to inform influenza virus surveillance. PLOS Biology, 22(11):e3002916, 2024.
  79. J. Zeng, F. Du, L. Xiao, H. Sun, L. Lu, W. Lei, J. Zheng, L. Wang, S. Shu, Y. Li, Q. Zhang, K. Tang, Q. Sun, C. Zhang, H. Long, Z. Qiu, K. Zhai, Z. Li, G. Zhang, Y. Sun, D. Wang, Z. Zhang, S. J. Lycett, G. F. Gao, Y. Shu, J. Liu, X. Du, and J. Pu. Spatiotemporal genotype replacement of H5N8 avian influenza viruses contributed to H5N1 emergence in 2021/2022 panzootic. Journal of Virology, 98(3):e01401–23, 2024.
  80. A. M. Hassan, B. Mühlemann, T. L. Al-Subhi, J. Rodon, S. A. El-Kafrawy, Z. Memish, J. Melchert, T. Bleicker, T. Mauno, S. Perlman, A. Zumla, T. C. Jones, M. A. Müller, V. M. Corman, C. Drosten, and E. I. Azhar. Ongoing evolution of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus, Kingdom of Saudi Arabia, 2023-2024. bioRxiv, 2024.09.12.612455, 2024.
  81. H. Tegally, E. Wilkinson, J. L.-H. Tsui, M. Moir, D. Martin, A. F. Brito, M. Giovanetti, K. Khan, C. Huber, I. I. Bogoch, J. E. San, J. Poongavanan, J. S. Xavier, D. d. S. Candido, F. Romero, C. Baxter, O. G. Pybus, R. J. Lessells, N. R. Faria, M. U. G. Kraemer, and T. d. Oliveira. Dispersal patterns and influence of air travel during the global expansion of SARS-CoV-2 variants of concern. Cell, 186(15):3277–3290.e16, 2023.
  82. S. Podenas, J. Gelhaus, V. Podeniene, V. Devyatkov, O. Yadamsuren, and M. F. Torres Jimenez. A New Genus and Two New Species of Short-Palped Crane Flies (Diptera: Limoniidae) from Central Asia. Diversity, 15(9):988, 2023.
  83. J. Diray-Arce, S. Fourati, N. D. Jayavelu, R. Patel, C. Maguire, A. C. Chang, R. Dandekar, J. Qi, B. H. Lee, P. v. Zalm, A. Schroeder, E. Chen, A. Konstorum, A. Brito, J. P. Gygi, A. Kho, J. Chen, S. Pawar, A. S. Gonzalez-Reiche, A. Hoch, C. E. Milliren, J. A. Overton, K. Westendorf, J. Abraham, M. Adkisson, M. Albert, L. T. Altamirano, B. Alvarenga, M. L. Anderson, E. J. Anderson, A. Arnett, H. Asashima, M. A. Atkinson, L. R. Baden, B. Barton, K. Beach, E. Beagle, P. M. Becker, M. R. Bell, M. Bernui, C. Bime, A. K. Boddapati, J. L. Booth, B. Borresen, S. C. Brakenridge, L. Bristow, R. Bryant, C. S. Calfee, J. M. Carreño, S. Carrillo, S. Chak, I. Chang, J. Connors, M. Conway, D. B. Corry, D. Cowan, B. Croen, C. S. D. Cruz, G. Cusimano, L. Eaker, C. Edwards, L. I. R. Ehrlich, D. Elashoff, H. Erickson, D. J. Erle, S. Farhadian, K. Farrugia, B. Fatou, A. Fernandes, A. Fernandez-Sesma, G. K. Fragiadakis, S. Furukawa, J. N. Geltman, R. Ghale, M. C. B. González, I. M. Goonewardene, E. S. Guerrero, F. W. Guirgis, D. A. Hafler, S. Hamilton, P. Harris, A. N. Hayati, C. M. Hendrickson, N. I. A. Higuita, T. Hodder, S. M. Holland, C. L. Hough, C. Huerta, K. C. Hurley, S. R. Hutton, A. Iwasaki, A. Jauregui, M. Jha, B. Johnson, D. Joyner, K. N. Kangelaris, G. Kelly, Z. Khalil, Z. Khan, F. Kheradmand, J. N. Kim, H. Kimura, A. I. Ko, B. Kohr, M. Kraft, M. Krummel, M. A. Kutzler, J. Lasky-Su, S. Lee, D. Lee, M. Leipold, C. Lentucci, C. Leroux, E. Lin, S. Liu, C. Love, Z. Lu, L. Maliskova, B. R. Manning, M. Manohar, M. Martens, G. A. McComsey, K. McEnaney, R. McLin, E. Melamed, N. Melnyk, K. Mendez, W. B. Messer, J. P. Metcalf, G. Michelotti, E. Mick, S. Mohanty, J. Mosier, L. C. F. Mulder, M. Murphy, K. R. C. Nadeau, E. Nelson, A. Nelson, V. Nguyen, J. Oberhaus, B. Panganiban, K. L. Pellegrini, H. C. Pickering, D. L. Powell, S. Presnell, B. Pulendran, A. H. Rahman, A. S. Rashid, A. Raskin, E. F. Reed, S. P. Ribeiro, A. M. Rivera, J. E. Rogers, A. Rogers, B. Rogowski, R. Rooks, Y. Rosenberg-Hasson, J. Rothman, J. F. Rousseau, R. Salehi-Rad, M. Saluvan, H. Samaha, J. Schaenman, R. Schunk, N. C. Semenza, S. Sen, J. Sevransky, V. Seyfert-Margolis, T. Shaheen, A. C. Shaw, S. Sieg, S. A. R. Siegel, N. Sigal, N. Siles, B. Simmons, V. Simon, G. Singh, L. Sinko, C. M. Smith, K. K. Smolen, L.-Z. Song, K. Srivastava, P. Sullivan, C. Syphurs, J. Tcheou, G. P. Tegos, G. K. Tharp, A. Tong, A. Tsitsiklis, R. F. Ungaro, T. Vaysman, A. Viode, R. Vita, X. Wang, A. Ward, D. C. Ward, A. Willmore, K. Woloszczuk, K. Wong, P. G. Woodruff, L. Xu, S. v. Haren, A. v. d. Guchte, Y. Zhao, C. B. Cairns, N. Rouphael, S. E. Bosinger, S. Kim-Schulze, F. Krammer, L. Rosen, N. D. Grubaugh, H. v. Bakel, M. Wilson, J. Rajan, H. Steen, W. Eckalbar, C. Cotsapas, C. R. Langelier, O. Levy, M. C. Altman, H. Maecker, R. R. Montgomery, E. K. Haddad, R. P. Sekaly, D. Esserman, A. Ozonoff, P. M. Becker, A. D. Augustine, L. Guan, B. Peters, and S. H. Kleinstein. Multi-omic longitudinal study reveals immune correlates of clinical course among hospitalized COVID-19 patients. Cell Reports Medicine, 4(6):101079, 2023.
  84. R. Xie, K. M. Edwards, M. Wille, X. Wei, S.-S. Wong, M. Zanin, R. El-Shesheny, M. Ducatez, L. L. M. Poon, G. Kayali, R. J. Webby, and V. Dhanasekaran. The episodic resurgence of highly pathogenic avian influenza H5 virus. Nature, 622(7984):810–817, 2023.
  85. M. Scotch, K. Lauer, E. D. Wieben, Y. Cherukuri, J. M. Cunningham, E. W. Klee, J. J. Harrington, J. S. Lau, S. J. McDonough, M. Mutawe, J. C. O'Horo, C. E. Rentmeester, N. R. Schlicher, V. T. White, S. K. Schneider, P. T. Vedell, X. Wang, J. D. Yao, B. S. Pritt, and A. P. Norgan. Genomic epidemiology reveals the dominance of Hennepin County in the transmission of SARS-CoV-2 in Minnesota from 2020 to 2022. mSphere, 8(6):e00232–23, 2023.
  86. G. Dudas and J. Batson. Accumulated metagenomic studies reveal recent migration, whole genome evolution, and undiscovered diversity of orthomyxoviruses. Journal of Virology, 97(10):e01056–23, 2023.
  87. Á. O’Toole, R. A. Neher, N. Ndodo, V. Borges, B. Gannon, J. P. Gomes, N. Groves, D. J. King, D. Maloney, P. Lemey, K. Lewandowski, N. Loman, R. Myers, I. F. Omah, M. A. Suchard, M. Worobey, M. Chand, C. Ihekweazu, D. Ulaeto, I. Adetifa, and A. Rambaut. APOBEC3 deaminase editing in mpox virus as evidence for sustained human transmission since at least 2016. Science, 382(6670):595–600, 2023.
  88. D. A. Rasmussen and F. Guo. Espalier: Efficient Tree Reconciliation and Ancestral Recombination Graphs Reconstruction Using Maximum Agreement Forests. Systematic Biology, 72(5):1154–1170, 2023.
  89. N. L. Matteson, G. W. Hassler, E. Kurzban, M. A. Schwab, S. A. Perkins, K. Gangavarapu, J. I. Levy, E. Parker, D. Pride, A. Hakim, P. D. Hoff, W. Cheung, A. Castro-Martinez, A. Rivera, A. Veder, A. Rivera, C. Wauer, J. Holmes, J. Wilson, S. N. Ngo, A. Plascencia, E. S. Lawrence, E. W. Smoot, E. R. Eisner, R. Tsai, M. Chacón, N. A. Baer, P. Seaver, R. A. Salido, S. Aigner, T. T. Ngo, T. Barber, T. Ostrander, R. Fielding-Miller, E. H. Simmons, O. E. Zazueta, I. Serafin-Higuera, M. Sanchez-Alavez, J. L. Moreno-Camacho, A. García-Gil, A. R. M. Schafer, E. McDonald, J. Corrigan, J. D. Malone, S. Stous, S. Shah, N. Moshiri, A. Weiss, C. Anderson, C. M. Aceves, E. G. Spencer, E. C. Hufbauer, J. J. Lee, A. J. King, K. S. Ramesh, K. N. Nguyen, K. Saucedo, R. Robles-Sikisaka, K. M. Fisch, S. L. Gonias, A. Birmingham, D. McDonald, S. Karthikeyan, N. K. Martin, R. T. Schooley, A. J. Negrete, H. J. Reyna, J. R. Chavez, M. L. Garcia, J. M. Cornejo-Bravo, D. Becker, M. Isaksson, N. L. Washington, W. Lee, R. S. Garfein, M. A. L.-R. Esparza, J. Alcántar-Fernández, B. Henson, K. Jepsen, B. Olivares-Flores, G. Barrera-Badillo, I. Lopez-Martínez, J. E. Ramírez-González, R. Flores-León, S. F. Kingsmore, A. Sanders, A. Pradenas, B. White, G. Matthews, M. Hale, R. W. McLawhon, S. L. Reed, T. Winbush, I. H. McHardy, R. A. Fielding, L. Nicholson, M. M. Quigley, A. Harding, A. Mendoza, O. Bakhtar, S. H. Browne, J. O. Flores, D. G. R. Rodríguez, M. G. Ibarra, L. C. R. Ibarra, B. J. A. Vera, J. G. Garcia, A. Harvey-Vera, R. Knight, L. C. Laurent, G. W. Yeo, J. O. Wertheim, X. Ji, M. Worobey, M. A. Suchard, K. G. Andersen, A. Campos-Romero, S. Wohl, and M. Zeller. Genomic surveillance reveals dynamic shifts in the connectivity of COVID-19 epidemics. Cell, 186(26):5690–5704.e20, 2023.
  90. B. Dadonaite, J. Brown, T. E. McMahon, A. G. Farrell, D. Asarnow, C. Stewart, J. Logue, B. Murrell, H. Y. Chu, D. Veesler, and J. D. Bloom. Full-spike deep mutational scanning helps predict the evolutionary success of SARS-CoV-2 clades. bioRxiv, 2023.11.13.566961, 2023.
  91. E. Normandin, M. Rudy, N. Barkas, S. F. Schaffner, Z. Levine, R. F. Padera, M. Babadi, S. S. Mukerji, D. J. Park, B. L. MacInnis, K. J. Siddle, P. C. Sabeti, and I. H. Solomon. High-depth sequencing characterization of viral dynamics across tissues in fatal COVID-19 reveals compartmentalized infection. Nature Communications, 14(1):574, 2023.
  92. I. B. Olawoye, P. E. Oluniyi, J. U. Oguzie, J. N. Uwanibe, T. A. Kayode, T. J. Olumade, F. V. Ajogbasile, E. Parker, P. E. Eromon, P. Abechi, T. A. Sobajo, C. A. Ugwu, U. E. George, F. Ayoade, K. Akano, N. E. Oyejide, I. Nosamiefan, I. Fred-Akintunwa, K. Adedotun-Sulaiman, F. B. Brimmo, B. B. Adegboyega, C. Philip, R. A. Adeleke, G. C. Chukwu, M. I. Ahmed, O. O. Ope-Ewe, S. G. Otitoola, O. A. Ogunsanya, M. F. Saibu, A. E. Sijuwola, G. O. Ezekiel, O. G. John, J. O. Akin-John, O. O. Akinlo, O. O. Fayemi, T. O. Ipaye, D. C. Nwodo, A. E. Omoniyi, I. B. Omwanghe, C. A. Terkuma, J. Okolie, O. Ayo-Ale, O. Ikponmwosa, E. Benevolence, G. O. Naregose, A. E. Patience, O. Blessing, A. Micheal, A. Jacqueline, J. O. Aiyepada, P. Ebhodaghe, O. Racheal, E. Rita, G. E. Rosemary, E. Solomon, E. Anieno, Y. Edna, A. O. Chris, A. I. Donatus, E. Ogbaini-Emovon, M. Y. Tatfeng, H. E. Omunakwe, M. Bob-Manuel, R. A. Ahmed, C. K. Onwuamah, J. O. Shaibu, A. Okwuraiwe, A. E. Ataga, A. Bock-Oruma, F. Daramola, I. F. Yusuf, A. Fajola, N.-A. Ntia, J. J. Ekpo, A. E. Moses, B. W. Moore-Igwe, O. E. Fakayode, M. Akinola, I. M. Kida, B. S. Oderinde, Z. W. Wudiri, O. O. Adeyemi, O. A. Akanbi, A. Ahumibe, A. Akinpelu, O. Ayansola, O. Babatunde, A. A. Omoare, C. Chukwu, N. G. Mba, E. C. Omoruyi, O. Olisa, O. K. Akande, I. E. Nwafor, M. A. Ekeh, E. Ndoma, R. L. Ewah, R. O. Duruihuoma, A. Abu, E. Odeh, V. Onyia, C. K. Ojide, S. Okoro, D. Igwe, E. O. Ogah, K. Khan, N. A. Ajayi, C. N. Ugwu, K. N. Ukwaja, N. I. Ugwu, C. Abejegah, N. Adedosu, O. Ayodeji, A. A. Liasu, R. O. Isamotu, G. Gadzama, B. A. Petros, K. J. Siddle, S. F. Schaffner, G. Akpede, C. O. Erameh, M. M. Baba, F. Oladiji, R. Audu, N. Ndodo, A. Fowotade, S. Okogbenin, P. O. Okokhere, D. J. Park, B. L. Mcannis, I. M. Adetifa, C. Ihekweazu, B. L. Salako, O. Tomori, A. N. Happi, O. A. Folarin, K. G. Andersen, P. C. Sabeti, and C. T. Happi. Emergence and spread of two SARS-CoV-2 variants of interest in Nigeria. Nature Communications, 14(1):811, 2023.
  93. Y. Park, M. A. Martin, and K. Koelle. Epidemiological inference for emerging viruses using segregating sites. Nature Communications, 14(1):3105, 2023.
  94. G. Stoddard, A. Black, P. Ayscue, D. Lu, J. Kamm, K. Bhatt, L. Chan, A. L. Kistler, J. Batson, A. Detweiler, M. Tan, N. Neff, J. L. DeRisi, and J. Corrigan. Using genomic epidemiology of SARS-CoV-2 to support contact tracing and public health surveillance in rural Humboldt County, California. BMC Public Health, 22(1):456, 2022.
  95. J. E. Pekar, A. Magee, E. Parker, N. Moshiri, K. Izhikevich, J. L. Havens, K. Gangavarapu, L. M. Malpica Serrano, A. Crits-Christoph, N. L. Matteson, M. Zeller, J. I. Levy, J. C. Wang, S. Hughes, J. Lee, H. Park, M.-S. Park, K. Ching Zi Yan, R. T. P. Lin, M. N. Mat Isa, Y. M. Noor, T. I. Vasylyeva, R. F. Garry, E. C. Holmes, A. Rambaut, M. A. Suchard, K. G. Andersen, M. Worobey, and J. O. Wertheim. The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2. Science, 377(6609):960–966, 2022.
  96. K. J. Siddle, L. A. Krasilnikova, G. K. Moreno, S. F. Schaffner, J. Vostok, N. A. Fitzgerald, J. E. Lemieux, N. Barkas, C. Loreth, I. Specht, C. H. Tomkins-Tinch, J. S. Paull, B. Schaeffer, B. P. Taylor, B. Loftness, H. Johnson, P. L. Schubert, H. M. Shephard, M. Doucette, T. Fink, A. S. Lang, S. Baez, J. Beauchamp, S. Hennigan, E. Buzby, S. Ash, J. Brown, S. Clancy, S. Cofsky, L. Gagne, J. Hall, R. Harrington, G. L. Gionet, K. C. DeRuff, M. E. Vodzak, G. C. Adams, S. T. Dobbins, S. D. Slack, S. K. Reilly, L. M. Anderson, M. C. Cipicchio, M. T. DeFelice, J. L. Grimsby, S. E. Anderson, B. S. Blumenstiel, J. C. Meldrim, H. M. Rooke, G. Vicente, N. L. Smith, K. S. Messer, F. L. Reagan, Z. M. Mandese, M. D. Lee, M. C. Ray, M. E. Fisher, M. A. Ulcena, C. M. Nolet, S. E. English, K. L. Larkin, K. Vernest, S. Chaluvadi, D. Arvidson, M. Melchiono, T. Covell, V. Harik, T. Brock-Fisher, M. Dunn, A. Kearns, W. P. Hanage, C. Bernard, A. Philippakis, N. J. Lennon, S. B. Gabriel, G. R. Gallagher, S. Smole, L. C. Madoff, C. M. Brown, D. J. Park, B. L. MacInnis, and P. C. Sabeti. Transmission from vaccinated individuals in a large SARS-CoV-2 Delta variant outbreak. Cell, 185(3):485–492.e10, 2022.
  97. N. F. Müller, K. E. Kistler, and T. Bedford. Recombination patterns in coronaviruses. bioRxiv, 2021.04.28.441806, 2022.
  98. U. Stolz, T. Stadler, N. F. Müller, and T. G. Vaughan. Joint Inference of Migration and Reassortment Patterns for Viruses with Segmented Genomes. Molecular Biology and Evolution, 39(1):msab342, 2022.
  99. S. Youk, C. M. Leyson, D. J. Parris, H. M. Kariithi, D. L. Suarez, and M. J. Pantin-Jackwood. Phylogenetic analysis, molecular changes, and adaptation to chickens of Mexican lineage H5N2 low-pathogenic avian influenza viruses from 1994 to 2019. Transboundary and Emerging Diseases, 69(5):e1445–e1459, 2022.
  100. T. Mourier, M. Shuaib, S. Hala, S. Mfarrej, F. Alofi, R. Naeem, A. Alsomali, D. Jorgensen, A. K. Subudhi, F. Ben Rached, Q. Guan, R. P. Salunke, A. Ooi, L. Esau, O. Douvropoulou, R. Nugmanova, S. Perumal, H. Zhang, I. Rajan, A. Al-Omari, S. Salih, A. Shamsan, A. Al Mutair, J. Taha, A. Alahmadi, N. Khotani, A. Alhamss, A. Mahmoud, K. Alquthami, A. Dageeg, A. Khogeer, A. M. Hashem, P. Moraga, E. Volz, N. Almontashiri, and A. Pain. SARS-CoV-2 genomes from Saudi Arabia implicate nucleocapsid mutations in host response and increased viral load. Nature Communications, 13(1):601, 2022.
  101. T. MacCannell, J. Batson, B. Bonin, K. C. Astha, R. Quenelle, B. Strong, W. Lin, S. L. Rudman, D. Dynerman, P. Ayscue, G. Han, A. Kistler, M. E. Villarino, and Chan Zuckerberg Biohub COVIDTracker Consortium and the Santa Clara County Public Health Department’s Special Investgations Group. Genomic Epidemiology and Transmission Dynamics of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in Congregate Healthcare Facilities in Santa Clara County, California. Clinical Infectious Diseases, 74(5):829–835, 2022.
  102. A. Russell, C. O’Connor, E. Lasek-Nesselquist, J. Plitnick, J. P. Kelly, D. M. Lamson, and K. S. George. Spatiotemporal Analyses of 2 Co-Circulating SARS-CoV-2 Variants, New York State, USA. Emerging Infectious Diseases, 28(3):650–659, 2022.
  103. M. J. Sanín, A. Cardona, W. A. Valencia-Montoya, M. F. T. Jiménez, S. Carvalho-Madrigal, A. C. Gómez, C. D. Bacon, T. R. Tangarife, J. S. Jaramillo, S. Zapata, V. Valencia, J. W. A. Valencia, V. Vargas, and M. Paris. Volcanic events coincide with plant dispersal across the Northern Andes. Global and Planetary Change, 210:103757, 2022.
  104. A. Babiker, M. A. Martin, C. Marvil, S. Bellman, R. A. Petit III, H. L. Bradley, V. D. Stittleburg, J. Ingersoll, C. S. Kraft, Y. Li, J. Zhang, C. R. Paden, T. D. Read, J. J. Waggoner, K. Koelle, and A. Piantadosi. Unrecognized introductions of SARS-CoV-2 into the US state of Georgia shaped the early epidemic. Virus Evolution, 8(1):veac011, 2022.
  105. T. Gräf, G. Bello, F. G. Naveca, M. Gomes, V. L. O. Cardoso, A. F. da Silva, F. Z. Dezordi, M. C. dos Santos, K. C. d. O. Santos, É. L. R. Batista, A. L. Á. Magalhães, F. Vinhal, F. Miyajima, H. Faoro, R. Khouri, G. L. Wallau, E. Delatorre, M. M. Siqueira, P. C. Resende, T. P. Mattos, V. A. Nascimento, V. Souza, A. d. L. G. Corado, F. Nascimento, G. Silva, M. Mejía, M. J. Brandão, Á. Costa, K. Pessoa, M. Jesus, L. F. Gonçalves, C. Fernandes, V. Andrade, L. Barbagelata, A. C. R. Cruz, A. Costa, L. d. A. Silva, J. D. Galvão, A. B. Leite, F. M. Pereira, T. O. Costa, J. C. Sousa, L. G. L. Neto, H. Barroso, D. L. F. Teixeira, J. F. Bezerra, C. Docena, R. E. de Lima, L. C. A. Silva, G. B. de Lima, L. C. Machado, M. F. Bezerra, M. H. S. Paiva, M. E. P. L. Dantas, R. L. D. N. Pereira, J. Araújo, C. A. Santos, R. Ribeiro-Rodrigues, A. F. L. Bernardes, F. C. d. M. Iani, B. Grinsztejn, V. G. Veloso, P. Brasil, A. C. D. da Paixão, L. R. Appolinario, R. S. Lopes, F. d. C. Motta, A. S. Rocha, T. M. M. Venas, E. C. Pereira, A. C. Cavalcanti, L. S. Bastos, L. F. d. M. Brigido, M. d. M. Oliveira, M. O. Schemberger, A. A. Suzukawa, I. Riediger, M. d. C. Debur, R. S. Salvato, T. S. Gregianini, D. B. Rovaris, and S. B. Fernandes. Phylogenetic-based inference reveals distinct transmission dynamics of SARS-CoV-2 lineages Gamma and P.2 in Brazil. iScience, 25(4):104156, 2022.
  106. M. E. Petrone, J. E. Rothman, M. I. Breban, I. M. Ott, A. Russell, E. Lasek-Nesselquist, H. Badr, K. Kelly, G. Omerza, N. Renzette, A. E. Watkins, C. C. Kalinich, T. Alpert, A. F. Brito, R. Earnest, I. R. Tikhonova, C. Castaldi, J. P. Kelly, M. Shudt, J. Plitnick, E. Schneider, S. Murphy, C. Neal, E. Laszlo, A. Altajar, C. Pearson, A. Muyombwe, R. Downing, J. Razeq, L. Niccolai, M. S. Wilson, M. L. Anderson, J. Wang, C. Liu, P. Hui, S. Mane, B. P. Taylor, W. P. Hanage, M. L. Landry, D. R. Peaper, K. Bilguvar, J. R. Fauver, C. B. F. Vogels, L. M. Gardner, V. E. Pitzer, K. St. George, M. D. Adams, and N. D. Grubaugh. Combining genomic and epidemiological data to compare the transmissibility of SARS-CoV-2 variants Alpha and Iota. Communications Biology, 5(1):1–10, 2022.
  107. J. Van Elslande, F. Kerckhofs, L. Cuypers, E. Wollants, B. Potter, A. Vankeerberghen, L. Cattoir, A. Holderbeke, S. Behillil, S. Gorissen, M. Bloemen, J. Arnout, M. Van Ranst, J. Van Weyenbergh, P. Maes, G. Baele, P. Vermeersch, E. André, and on behalf of the COG-Belgium Consortium. Two Separate Clusters of SARS-CoV-2 Delta Variant Infections in A Group of 41 Students Travelling from India: An Illustration of the Need for Rigorous Testing and Quarantine. Viruses, 14(6):1198, 2022.
  108. N. F. Müller, K. E. Kistler, and T. Bedford. A Bayesian approach to infer recombination patterns in coronaviruses. Nature Communications, 13(1):4186, 2022.
  109. R. Xie, D. C. Adam, K. M. Edwards, S. Gurung, X. Wei, B. J. Cowling, and V. Dhanasekaran. Genomic epidemiology of seasonal influenza circulation in China during prolonged border closure from 2020 to 2021. Virus Evolution, 8(2):veac062, 2022.
  110. E. Parker, C. Anderson, M. Zeller, A. Tibi, J. L. Havens, G. Laroche, M. Benlarbi, A. Ariana, R. Robles-Sikisaka, A. A. Latif, A. Watts, A. Awidi, S. A. Jaradat, K. Gangavarapu, K. Ramesh, E. Kurzban, N. L. Matteson, A. X. Han, L. D. Hughes, M. McGraw, E. Spencer, L. Nicholson, K. Khan, M. A. Suchard, J. O. Wertheim, S. Wohl, M. Côté, A. Abdelnour, K. G. Andersen, and I. Abu-Dayyeh. Regional connectivity drove bidirectional transmission of SARS-CoV-2 in the Middle East during travel restrictions. Nature Communications, 13(1):4784, 2022.
  111. A. X. Han, E. Kozanli, J. Koopsen, H. Vennema, RIVM COVID-19 molecular epidemiology group, K. Hajji, A. Kroneman, I. van Walle, D. Klinkenberg, J. Wallinga, C. A. Russell, D. Eggink, and C. Reusken. Regional importation and asymmetric within-country spread of SARS-CoV-2 variants of concern in the Netherlands. eLife, 11:e78770, 2022.
  112. N. F. Müller, S. Duchêne, D. A. Williamson, B. P. Howden, and D. J. Ingle. Tracking the horizontal transfer of plasmids in Shigella sonnei and Shigella flexneri using phylogenetics. bioRxiv, 2022.10.27.514108, 2022.
  113. B. A. Petros, J. S. Paull, C. H. Tomkins-Tinch, B. C. Loftness, K. C. DeRuff, P. Nair, G. L. Gionet, A. Benz, T. Brock-Fisher, M. Hughes, L. Yurkovetskiy, S. Mulaudzi, E. Leenerman, T. Nyalile, G. K. Moreno, I. Specht, K. Sani, G. Adams, S. V. Babet, E. Baron, J. T. Blank, C. Boehm, Y. Botti-Lodovico, J. Brown, A. R. Buisker, T. Burcham, L. Chylek, P. Cronan, A. Dauphin, V. Desreumaux, M. Doss, B. Flynn, A. Gladden-Young, O. Glennon, H. D. Harmon, T. V. Hook, A. Kary, C. King, C. Loreth, L. Marrs, K. J. McQuade, T. T. Milton, J. M. Mulford, K. Oba, L. Pearlman, M. Schifferli, M. J. Schmidt, G. M. Tandus, A. Tyler, M. E. Vodzak, K. Krohn Bevill, A. Colubri, B. L. MacInnis, A. Z. Ozsoy, E. Parrie, K. Sholtes, K. J. Siddle, B. Fry, J. Luban, D. J. Park, J. Marshall, A. Bronson, S. F. Schaffner, and P. C. Sabeti. Multimodal surveillance of SARS-CoV-2 at a university enables development of a robust outbreak response framework. Med, 3(12):883–900.e13, 2022.
  114. A. Tsitsiklis, C. M. Osborne, J. Kamm, K. Williamson, K. Kalantar, G. Dudas, S. Caldera, A. Lyden, M. Tan, N. Neff, V. Soesanto, J. K. Harris, L. Ambroggio, A. B. Maddux, T. C. Carpenter, R. W. Reeder, C. Locandro, E. A. F. Simões, M. K. Leroue, M. W. Hall, A. F. Zuppa, J. Carcillo, K. L. Meert, A. Sapru, M. M. Pollack, P. S. McQuillen, D. A. Notterman, J. M. Dean, M. S. Zinter, B. D. Wagner, J. L. DeRisi, P. M. Mourani, and C. R. Langelier. Lower respiratory tract infections in children requiring mechanical ventilation: a multicentre prospective surveillance study incorporating airway metagenomics. The Lancet Microbe, 3(4):e284–e293, 2022.
  115. B. Jackson, M. F. Boni, M. J. Bull, A. Colleran, R. M. Colquhoun, A. C. Darby, S. Haldenby, V. Hill, A. Lucaci, J. T. McCrone, S. M. Nicholls, Á. O’Toole, N. Pacchiarini, R. Poplawski, E. Scher, F. Todd, H. J. Webster, M. Whitehead, C. Wierzbicki, N. J. Loman, T. R. Connor, D. L. Robertson, O. G. Pybus, and A. Rambaut. Generation and transmission of interlineage recombinants in the SARS-CoV-2 pandemic. Cell, 184(20):5179–5188.e8, 2021.
  116. S. L. M. Whitmer, M. K. Lo, H. M. S. Sazzad, S. Zufan, E. S. Gurley, S. Sultana, B. Amman, J. T. Ladner, M. Z. Rahman, S. Doan, S. M. Satter, M. S. Flora, J. M. Montgomery, S. T. Nichol, C. F. Spiropoulou, and J. D. Klena. Inference of Nipah virus evolution, 1999–2015. Virus Evolution, 7(1):veaa062, 2021.
  117. N. L. Washington, K. Gangavarapu, M. Zeller, A. Bolze, E. T. Cirulli, K. M. Schiabor Barrett, B. B. Larsen, C. Anderson, S. White, T. Cassens, S. Jacobs, G. Levan, J. Nguyen, J. M. Ramirez, C. Rivera-Garcia, E. Sandoval, X. Wang, D. Wong, E. Spencer, R. Robles-Sikisaka, E. Kurzban, L. D. Hughes, X. Deng, C. Wang, V. Servellita, H. Valentine, P. De Hoff, P. Seaver, S. Sathe, K. Gietzen, B. Sickler, J. Antico, K. Hoon, J. Liu, A. Harding, O. Bakhtar, T. Basler, B. Austin, D. MacCannell, M. Isaksson, P. G. Febbo, D. Becker, M. Laurent, E. McDonald, G. W. Yeo, R. Knight, L. C. Laurent, E. de Feo, M. Worobey, C. Y. Chiu, M. A. Suchard, J. T. Lu, W. Lee, and K. G. Andersen. Emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. Cell, 184(10):2587–2594.e7, 2021.
  118. N. Muller, M. Kunze, F. Steitz, N. J. Saad, B. Mühlemann, J. I. Beheim-Schwarzbach, J. Schneider, C. Drosten, L. Murajda, S. Kochs, C. Ruscher, J. Walter, N. Zeitlmann, and V. M. Corman. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Outbreak Related to a Nightclub, Germany, 2020. Emerging Infectious Diseases, 27(2):645–648, 2021.
  119. T. Alpert, A. F. Brito, E. Lasek-Nesselquist, J. Rothman, A. L. Valesano, M. J. MacKay, M. E. Petrone, M. I. Breban, A. E. Watkins, C. B. F. Vogels, C. C. Kalinich, S. Dellicour, A. Russell, J. P. Kelly, M. Shudt, J. Plitnick, E. Schneider, W. J. Fitzsimmons, G. Khullar, J. Metti, J. T. Dudley, M. Nash, N. Beaubier, J. Wang, C. Liu, P. Hui, A. Muyombwe, R. Downing, J. Razeq, S. M. Bart, A. Grills, S. M. Morrison, S. Murphy, C. Neal, E. Laszlo, H. Rennert, M. Cushing, L. Westblade, P. Velu, A. Craney, L. Cong, D. R. Peaper, M. L. Landry, P. W. Cook, J. R. Fauver, C. E. Mason, A. S. Lauring, K. St. George, D. R. MacCannell, and N. D. Grubaugh. Early introductions and transmission of SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 in the United States. Cell, 184(10):2595–2604.e13, 2021.
  120. M. Zeller, K. Gangavarapu, C. Anderson, A. R. Smither, J. A. Vanchiere, R. Rose, D. J. Snyder, G. Dudas, A. Watts, N. L. Matteson, R. Robles-Sikisaka, M. Marshall, A. K. Feehan, G. Sabino-Santos, A. R. Bell-Kareem, L. D. Hughes, M. Alkuzweny, P. Snarski, J. Garcia-Diaz, R. S. Scott, L. I. Melnik, R. Klitting, M. McGraw, P. Belda-Ferre, P. DeHoff, S. Sathe, C. Marotz, N. D. Grubaugh, D. J. Nolan, A. C. Drouin, K. J. Genemaras, K. Chao, S. Topol, E. Spencer, L. Nicholson, S. Aigner, G. W. Yeo, L. Farnaes, C. A. Hobbs, L. C. Laurent, R. Knight, E. B. Hodcroft, K. Khan, D. N. Fusco, V. S. Cooper, P. Lemey, L. Gardner, S. L. Lamers, J. P. Kamil, R. F. Garry, M. A. Suchard, and K. G. Andersen. Emergence of an early SARS-CoV-2 epidemic in the United States. Cell, 184(19):4939–4952.e15, 2021.
  121. E. C. Thomson, L. E. Rosen, J. G. Shepherd, R. Spreafico, A. d. S. Filipe, J. A. Wojcechowskyj, C. Davis, L. Piccoli, D. J. Pascall, J. Dillen, S. Lytras, N. Czudnochowski, R. Shah, M. Meury, N. Jesudason, A. D. Marco, K. Li, J. Bassi, A. O’Toole, D. Pinto, R. M. Colquhoun, K. Culap, B. Jackson, F. Zatta, A. Rambaut, S. Jaconi, V. B. Sreenu, J. Nix, I. Zhang, R. F. Jarrett, W. G. Glass, M. Beltramello, K. Nomikou, M. Pizzuto, L. Tong, E. Cameroni, T. I. Croll, N. Johnson, J. D. Iulio, A. Wickenhagen, A. Ceschi, A. M. Harbison, D. Mair, P. Ferrari, K. Smollett, F. Sallusto, S. Carmichael, C. Garzoni, J. Nichols, M. Galli, J. Hughes, A. Riva, A. Ho, M. Schiuma, M. G. Semple, P. J. M. Openshaw, E. Fadda, J. K. Baillie, J. D. Chodera, S. J. Rihn, S. J. Lycett, H. W. Virgin, A. Telenti, D. Corti, D. L. Robertson, and G. Snell. Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity. Cell, 184(5):1171–1187.e20, 2021.
  122. E. B. Hodcroft, D. B. Domman, D. J. Snyder, K. Y. Oguntuyo, M. V. Diest, K. H. Densmore, K. C. Schwalm, J. Femling, J. L. Carroll, R. S. Scott, M. M. Whyte, M. W. Edwards, N. C. Hull, C. G. Kevil, J. A. Vanchiere, B. Lee, D. L. Dinwiddie, V. S. Cooper, and J. P. Kamil. Emergence in late 2020 of multiple lineages of SARS-CoV-2 Spike protein variants affecting amino acid position 677. medRxiv, 2021.02.12.21251658, 2021.
  123. L. H. Moncla, A. Black, C. DeBolt, M. Lang, N. R. Graff, A. C. Pérez-Osorio, N. F. Müller, D. Haselow, S. Lindquist, and T. Bedford. Repeated introductions and intensive community transmission fueled a mumps virus outbreak in Washington State. eLife, 10:e66448, 2021.
  124. A. F. Brito, L. C. Machado, R. J. Oidtman, M. J. L. Siconelli, Q. M. Tran, J. R. Fauver, R. D. d. O. Carvalho, F. Z. Dezordi, M. R. Pereira, L. A. de Castro-Jorge, E. C. M. Minto, L. M. R. Passos, C. C. Kalinich, M. E. Petrone, E. Allen, G. C. España, A. T. Huang, D. A. T. Cummings, G. Baele, R. F. O. Franca, B. A. L. da Fonseca, T. A. Perkins, G. L. Wallau, and N. D. Grubaugh. Lying in wait: the resurgence of dengue virus after the Zika epidemic in Brazil. Nature Communications, 12(1):2619, 2021.
  125. K. M. Braun, G. K. Moreno, C. Wagner, M. A. Accola, W. M. Rehrauer, D. A. Baker, K. Koelle, D. H. O’Connor, T. Bedford, T. C. Friedrich, and L. H. Moncla. Acute SARS-CoV-2 infections harbor limited within-host diversity and transmit via tight transmission bottlenecks. PLOS Pathogens, 17(8):e1009849, 2021.
  126. M. F. T. Jiménez, E. M. B. Prata, A. Zizka, M. Cohn-Haft, A. V. G. de Oliveira, T. Emilio, N. Chazot, T. L. P. Couvreur, S. M. Kamga, B. Sonké, Á. Cano, R. G. Collevatti, B. G. Kuhnhäuser, W. J. Baker, A. Antonelli, and C. D. Bacon. Phylogenomics of the Palm Tribe Lepidocaryeae (Calamoideae: Arecaceae) and Description of a New Species of Mauritiella. Systematic Botany, 46(3):863–874, 2021.
  127. E. Lasek-Nesselquist, N. Singh, A. Russell, D. Lamson, J. Kelly, J. Plitnick, R. D. Pfeiffer, N. Tucker, E. Schneider, and K. S. George. A statewide analysis of SARS-CoV-2 transmission in New York. medRxiv, 2021.02.20.21251598, 2021.
  128. M. F. Torres Jimenez, G. N. Stone, A. Sanchez, and J. E. Richardson. Comparative phylogeography of an ant-plant mutualism: An encounter in the Andes. Global and Planetary Change, 205:103598, 2021.
  129. L. J. Taylor, M. I. Dothard, M. A. Rubel, A. A. Allen, Y. Hwang, A. M. Roche, J. Graham-Wooten, A. S. Fitzgerald, L. A. Khatib, A. Ranciaro, S. R. Thompson, W. R. Beggs, M. C. Campbell, G. G. Mokone, S. W. Mpoloka, C. Fokunang, A. K. Njamnshi, E. Mbunwe, D. Woldemeskel, G. Belay, T. Nyambo, S. A. Tishkoff, R. G. Collman, and F. D. Bushman. Redondovirus Diversity and Evolution on Global, Individual, and Molecular Scales. Journal of Virology, 95(21):e00817–21, 2021.
  130. K. M. Braun, G. K. Moreno, P. J. Halfmann, E. B. Hodcroft, D. A. Baker, E. C. Boehm, A. M. Weiler, A. K. Haj, M. Hatta, S. Chiba, T. Maemura, Y. Kawaoka, K. Koelle, D. H. O’Connor, and T. C. Friedrich. Transmission of SARS-CoV-2 in domestic cats imposes a narrow bottleneck. PLOS Pathogens, 17(2):e1009373, 2021.
  131. G. Dudas, G. Huber, M. Wilkinson, and D. Yllanes. Polymorphism of genetic ambigrams. Virus Evolution, 7(1):veab038, 2021.
  132. J.-P. Pirnay, P. Selhorst, S. L. Hong, C. Cochez, B. Potter, P. Maes, M. Petrillo, G. Dudas, V. Claes, Y. Van der Beken, G. Verbeken, J. Degueldre, S. Dellicour, L. Cuypers, F. T’Sas, G. Van den Eede, B. Verhasselt, W. Weuts, C. Smets, J. Mertens, P. Geeraerts, K. K. Ariën, E. André, P. Neirinckx, P. Soentjens, and G. Baele. Variant Analysis of SARS-CoV-2 Genomes from Belgian Military Personnel Engaged in Overseas Missions and Operations. Viruses, 13(7):1359, 2021.
  133. C. A. Arze, S. Springer, G. Dudas, S. Patel, A. Bhattacharyya, H. Swaminathan, C. Brugnara, S. Delagrave, T. Ong, A. Kahvejian, Y. Echelard, E. G. Weinstein, R. J. Hajjar, K. G. Andersen, and N. L. Yozwiak. Global genome analysis reveals a vast and dynamic anellovirus landscape within the human virome. Cell Host & Microbe, 29(8):1305–1315.e6, 2021.
  134. N. Chazot, F. L. Condamine, G. Dudas, C. Peña, U. Kodandaramaiah, P. Matos-Maraví, K. Aduse-Poku, M. Elias, A. D. Warren, D. J. Lohman, C. M. Penz, P. DeVries, Z. F. Fric, S. Nylin, C. Müller, A. Y. Kawahara, K. L. Silva-Brandão, G. Lamas, I. Kleckova, A. Zubek, E. Ortiz-Acevedo, R. Vila, R. I. Vane-Wright, S. P. Mullen, C. D. Jiggins, C. W. Wheat, A. V. L. Freitas, and N. Wahlberg. Conserved ancestral tropical niche but different continental histories explain the latitudinal diversity gradient in brush-footed butterflies. Nature Communications, 12(1):5717, 2021.
  135. J. Batson, G. Dudas, E. Haas-Stapleton, A. L. Kistler, L. M. Li, P. Logan, K. Ratnasiri, and H. Retallack. Single mosquito metatranscriptomics identifies vectors, emerging pathogens and reservoirs in one assay. eLife, 10:e68353, 2021.
  136. G. Dudas, S. L. Hong, B. I. Potter, S. Calvignac-Spencer, F. S. Niatou-Singa, T. B. Tombolomako, T. Fuh-Neba, U. Vickos, M. Ulrich, F. H. Leendertz, K. Khan, C. Huber, A. Watts, I. Olendraitė, J. Snijder, K. N. Wijnant, A. M. J. J. Bonvin, P. Martres, S. Behillil, A. Ayouba, M. F. Maidadi, D. M. Djomsi, C. Godwe, C. Butel, A. Šimaitis, M. Gabrielaitė, M. Katėnaitė, R. Norvilas, L. Raugaitė, G. W. Koyaweda, J. K. Kandou, R. Jonikas, I. Nasvytienė, Ž. Žemeckienė, D. Gečys, K. Tamušauskaitė, M. Norkienė, E. Vasiliūnaitė, D. Žiogienė, A. Timinskas, M. Šukys, M. Šarauskas, G. Alzbutas, A. A. Aziza, E. K. Lusamaki, J.-C. M. Cigolo, F. M. Mawete, E. L. Lofiko, P. M. Kingebeni, J.-J. M. Tamfum, M. R. D. Belizaire, R. G. Essomba, M. C. O. Assoumou, A. B. Mboringong, A. B. Dieng, D. Juozapaitė, S. Hosch, J. Obama, M. Ondo’o Ayekaba, D. Naumovas, A. Pautienius, C. D. Rafaï, A. Vitkauskienė, R. Ugenskienė, A. Gedvilaitė, D. Čereškevičius, V. Lesauskaitė, L. Žemaitis, L. Griškevičius, and G. Baele. Emergence and spread of SARS-CoV-2 lineage B.1.620 with variant of concern-like mutations and deletions. Nature Communications, 12(1):5769, 2021.
  137. E. Parker, A. Han, L. Brouwer, K. Wolthers, K. Benschop, and C. A. Russell. Genotypic diversity and dynamic nomenclature of Parechovirus A. bioRxiv, 2020.08.14.251231, 2020.
  138. G. K. Moreno, K. M. Braun, K. K. Riemersma, M. A. Martin, P. J. Halfmann, C. M. Crooks, T. Prall, D. Baker, J. J. Baczenas, A. S. Heffron, M. Ramuta, M. Khubbar, A. M. Weiler, M. A. Accola, W. M. Rehrauer, S. L. O’Connor, N. Safdar, C. S. Pepperell, T. Dasu, S. Bhattacharyya, Y. Kawaoka, K. Koelle, D. H. O’Connor, and T. C. Friedrich. Revealing fine-scale spatiotemporal differences in SARS-CoV-2 introduction and spread. Nature Communications, 11(1):5558, 2020.
  139. D. Miller, M. A. Martin, N. Harel, O. Tirosh, T. Kustin, M. Meir, N. Sorek, S. Gefen-Halevi, S. Amit, O. Vorontsov, A. Shaag, D. Wolf, A. Peretz, Y. Shemer-Avni, D. Roif-Kaminsky, N. M. Kopelman, A. Huppert, K. Koelle, and A. Stern. Full genome viral sequences inform patterns of SARS-CoV-2 spread into and within Israel. Nature Communications, 11(1):5518, 2020.
  140. J. T. Ladner, B. B. Larsen, J. R. Bowers, C. M. Hepp, E. Bolyen, M. Folkerts, K. Sheridan, A. Pfeiffer, H. Yaglom, D. Lemmer, J. W. Sahl, E. A. Kaelin, R. Maqsood, N. A. Bokulich, G. Quirk, T. D. Watts, K. K. Komatsu, V. Waddell, E. S. Lim, J. G. Caporaso, D. M. Engelthaler, M. Worobey, and P. Keim. An Early Pandemic Analysis of SARS-CoV-2 Population Structure and Dynamics in Arizona. mBio, 11(5):e02107–20, 2020.
  141. E. Alm, E. K. Broberg, T. Connor, E. B. Hodcroft, A. B. Komissarov, S. Maurer-Stroh, A. Melidou, R. A. Neher, Á. O’Toole, D. Pereyaslov, and T. W. E. R. s. l. a. G. E. Group. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Eurosurveillance, 25(32):2001410, 2020.
  142. H. A. Pawestri, A. A. Nugraha, A. X. Han, E. Pratiwi, E. Parker, M. Richard, S. van der Vliet, R. A. M. Fouchier, D. H. Muljono, M. D. de Jong, V. Setiawaty, and D. Eggink. Genetic and antigenic characterization of influenza A/H5N1 viruses isolated from patients in Indonesia, 2008–2015. Virus Genes, 56(4):417–429, 2020.
  143. R. S. Sikkema, S. D. Pas, D. F. Nieuwenhuijse, Á. O'Toole, J. Verweij, A. v. d. Linden, I. Chestakova, C. Schapendonk, M. Pronk, P. Lexmond, T. Bestebroer, R. J. Overmars, S. v. Nieuwkoop, W. v. d. Bijllaardt, R. G. Bentvelsen, M. M. L. v. Rijen, A. G. M. Buiting, A. J. G. v. Oudheusden, B. M. Diederen, A. M. C. Bergmans, A. v. d. Eijk, R. Molenkamp, A. Rambaut, A. Timen, J. A. J. W. Kluytmans, B. B. O. Munnink, M. F. Q. K. v. d. Bergh, and M. P. G. Koopmans. COVID-19 in health-care workers in three hospitals in the south of the Netherlands: a cross-sectional study. The Lancet Infectious Diseases, 20(11):1273–1280, 2020.
  144. B. B. Oude Munnink, D. F. Nieuwenhuijse, M. Stein, Á. O’Toole, M. Haverkate, M. Mollers, S. K. Kamga, C. Schapendonk, M. Pronk, P. Lexmond, A. van der Linden, T. Bestebroer, I. Chestakova, R. J. Overmars, S. van Nieuwkoop, R. Molenkamp, A. A. van der Eijk, C. GeurtsvanKessel, H. Vennema, A. Meijer, A. Rambaut, J. van Dissel, R. S. Sikkema, A. Timen, and M. Koopmans. Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands. Nature Medicine, 26(9):1405–1410, 2020.
  145. D. Venkatesh, A. Brouwer, G. Goujgoulova, R. Ellis, J. Seekings, I. H. Brown, and N. S. Lewis. Regional Transmission and Reassortment of 2.3.4.4b Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) Viruses in Bulgarian Poultry 2017/18. Viruses, 12(6):605, 2020.
  146. M. Suárez-Esquivel, G. Hernández-Mora, N. Ruiz-Villalobos, E. Barquero-Calvo, C. Chacón-Díaz, J. T. Ladner, G. Oviedo-Sánchez, J. T. Foster, N. Rojas-Campos, E. Chaves-Olarte, N. R. Thomson, E. Moreno, and C. Guzmán-Verri. Persistence of Brucella abortus lineages revealed by genomic characterization and phylodynamic analysis. PLOS Neglected Tropical Diseases, 14(4):e0008235, 2020.
  147. L. H. Moncla, T. Bedford, P. Dussart, S. V. Horm, S. Rith, P. Buchy, E. A. Karlsson, L. Li, Y. Liu, H. Zhu, Y. Guan, T. C. Friedrich, and P. F. Horwood. Quantifying within-host diversity of H5N1 influenza viruses in humans and poultry in Cambodia. PLOS Pathogens, 16(1):e1008191, 2020.
  148. G. K. Moreno, K. M. Braun, K. K. Riemersma, M. A. Martin, P. J. Halfmann, C. M. Crooks, T. Prall, D. Baker, J. J. Baczenas, A. S. Heffron, M. Ramuta, M. Khubbar, A. M. Weiler, M. A. Accola, W. M. Rehrauer, S. L. O’Connor, N. Safdar, C. S. Pepperell, T. Dasu, S. Bhattacharyya, Y. Kawaoka, K. Koelle, D. H. O’Connor, and T. C. Friedrich. Distinct patterns of SARS-CoV-2 transmission in two nearby communities in Wisconsin, USA. medRxiv, 2020.07.09.20149104, 2020.
  149. N. F. Müller, U. Stolz, G. Dudas, T. Stadler, and T. G. Vaughan. Bayesian inference of reassortment networks reveals fitness benefits of reassortment in human influenza viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117(29):17104–17111, 2020.
  150. M. R. Wiley, L. Fakoli, A. G. Letizia, S. R. Welch, J. T. Ladner, K. Prieto, D. Reyes, N. Espy, J. A. Chitty, C. B. Pratt, N. D. Paola, F. Taweh, D. Williams, J. Saindon, W. G. Davis, K. Patel, M. Holland, D. Negrón, U. Ströher, S. T. Nichol, S. Sozhamannan, P. E. Rollin, J. Dogba, T. Nyenswah, F. Bolay, C. G. Albariño, M. Fallah, and G. Palacios. Lassa virus circulating in Liberia: a retrospective genomic characterisation. The Lancet Infectious Diseases, 19(12):1371–1378, 2019.
  151. K. Theys, P. Lemey, A.-M. Vandamme, and G. Baele. Advances in Visualization Tools for Phylogenomic and Phylodynamic Studies of Viral Diseases. Frontiers in Public Health, 7:208, 2019.
  152. N. D. Grubaugh, S. Saraf, K. Gangavarapu, A. Watts, A. L. Tan, R. J. Oidtman, J. T. Ladner, G. Oliveira, N. L. Matteson, M. U. G. Kraemer, C. B. F. Vogels, A. Hentoff, D. Bhatia, D. Stanek, B. Scott, V. Landis, I. Stryker, M. R. Cone, E. W. Kopp, A. C. Cannons, L. Heberlein-Larson, S. White, L. D. Gillis, M. J. Ricciardi, J. Kwal, P. K. Lichtenberger, D. M. Magnani, D. I. Watkins, G. Palacios, D. H. Hamer, L. M. Gardner, T. A. Perkins, G. Baele, K. Khan, A. Morrison, S. Isern, S. F. Michael, and K. G. Andersen. Travel Surveillance and Genomics Uncover a Hidden Zika Outbreak during the Waning Epidemic. Cell, 178(5):1057–1071.e11, 2019.
  153. P. Mbala-Kingebeni, A. Aziza, N. D. Paola, M. R. Wiley, S. Makiala-Mandanda, K. Caviness, C. B. Pratt, J. T. Ladner, J. R. Kugelman, K. Prieto, J. A. Chitty, P. A. Larson, B. Beitzel, A. Ayouba, N. Vidal, S. Karhemere, M. Diop, M. M. Diagne, M. Faye, O. Faye, A. Aruna, J. Nsio, F. Mulangu, D. Mukadi, P. Mukadi, J. Kombe, A. Mulumba, C.-J. Villabona-Arenas, E. Pukuta, J. Gonzalez, M. L. Bartlett, S. Sozhamannan, S. M. Gross, G. P. Schroth, R. Tim, J. J. Zhao, J. H. Kuhn, B. Diallo, M. Yao, I. S. Fall, B. Ndjoloko, M. Mossoko, A. Lacroix, E. Delaporte, M. Sanchez-Lockhart, A. A. Sall, J.-J. Muyembe-Tamfum, M. Peeters, G. Palacios, and S. Ahuka-Mundeke. Medical countermeasures during the 2018 Ebola virus disease outbreak in the North Kivu and Ituri Provinces of the Democratic Republic of the Congo: a rapid genomic assessment. The Lancet Infectious Diseases, 19(6):648–657, 2019.
  154. T. M. Work, J. Dagenais, B. A. Stacy, J. T. Ladner, J. M. Lorch, G. H. Balazs, E. Barquero-Calvo, B. M. Berlowski-Zier, R. Breeden, N. Corrales-Gómez, R. Gonzalez-Barrientos, H. S. Harris, G. Hernández-Mora, Á. Herrera-Ulloa, S. Hesami, T. T. Jones, J. A. Morales, T. M. Norton, R. A. Rameyer, D. R. Taylor, and T. B. Waltzek. A novel host-adapted strain of Salmonella Typhimurium causes renal disease in olive ridley turtles (Lepidochelys olivacea) in the Pacific. Scientific Reports, 9(1):9313, 2019.
  155. M. J. Poen, D. Venkatesh, T. M. Bestebroer, O. Vuong, R. D. Scheuer, B. B. Oude Munnink, D. de Meulder, M. Richard, T. Kuiken, M. P. G. Koopmans, L. Kelder, Y.-J. Kim, Y.-J. Lee, M. Steensels, B. Lambrecht, A. Dan, A. Pohlmann, M. Beer, V. Savic, I. H. Brown, R. A. M. Fouchier, and N. S. Lewis. Co-circulation of genetically distinct highly pathogenic avian influenza A clade 2.3.4.4 (H5N6) viruses in wild waterfowl and poultry in Europe and East Asia, 2017–18. Virus Evolution, 5(1):vez004, 2019.
  156. S. M. Bell, L. Katzelnick, and T. Bedford. Dengue genetic divergence generates within-serotype antigenic variation, but serotypes dominate evolutionary dynamics. eLife, 8:e42496, 2019.
  157. P. Jansen van Vuren, J. T. Ladner, A. A. Grobbelaar, M. R. Wiley, S. Lovett, M. Allam, A. Ismail, C. le Roux, J. Weyer, N. Moolla, N. Storm, J. Kgaladi, M. Sanchez-Lockhart, O. Conteh, G. Palacios, and J. T. Paweska. Phylodynamic Analysis of Ebola Virus Disease Transmission in Sierra Leone. Viruses, 11(1):71, 2019.
  158. N. F. Müller, G. Dudas, and T. Stadler. Inferring time-dependent migration and coalescence patterns from genetic sequence and predictor data in structured populations. Virus Evolution, 5(2):vez030, 2019.
  159. G. Dudas and T. Bedford. The ability of single genes vs full genomes to resolve time and space in outbreak analysis. BMC Evolutionary Biology, 19(1):232, 2019.
  160. E. K. Dokubo, A. Wendland, S. E. Mate, J. T. Ladner, E. L. Hamblion, P. Raftery, D. J. Blackley, A. S. Laney, N. Mahmoud, G. Wayne-Davies, L. Hensley, E. Stavale, L. Fakoli, C. Gregory, T.-H. Chen, A. Koryon, D. R. Allen, J. Mann, A. Hickey, J. Saindon, M. Badini, A. Baller, P. Clement, F. Bolay, Y. Wapoe, M. R. Wiley, J. Logue, B. Dighero-Kemp, E. Higgs, A. Gasasira, D. E. Williams, B. Dahn, F. Kateh, T. Nyenswah, G. Palacios, and M. P. Fallah. Persistence of Ebola virus after the end of widespread transmission in Liberia: an outbreak report. The Lancet Infectious Diseases, 18(9):1015–1024, 2018.
  161. M. Wille, N. Latorre-Margalef, C. Tolf, R. Halpin, D. Wentworth, R. A. M. Fouchier, J. Raghwani, O. G. Pybus, B. Olsen, and J. Waldenström. Where do all the subtypes go? Temporal dynamics of H8–H12 influenza A viruses in waterfowl. Virus Evolution, 4(2):vey025, 2018.
  162. J. M. Lee, J. Huddleston, M. B. Doud, K. A. Hooper, N. C. Wu, T. Bedford, and J. D. Bloom. Deep mutational scanning of hemagglutinin helps predict evolutionary fates of human H3N2 influenza variants. Proceedings of the National Academy of Sciences, 115(35):E8276–E8285, 2018.
  163. D. Venkatesh, M. J. Poen, T. M. Bestebroer, R. D. Scheuer, O. Vuong, M. Chkhaidze, A. Machablishvili, J. Mamuchadze, L. Ninua, N. B. Fedorova, R. A. Halpin, X. Lin, A. Ransier, T. B. Stockwell, D. E. Wentworth, D. Kriti, J. Dutta, H. van Bakel, A. Puranik, M. J. Slomka, S. Essen, I. H. Brown, R. A. M. Fouchier, and N. S. Lewis. Avian Influenza Viruses in Wild Birds: Virus Evolution in a Multihost Ecosystem. Journal of Virology, 92(15):e00433–18, 2018.
  164. D. K. W. Chu, K. P. Y. Hui, R. A. P. M. Perera, E. Miguel, D. Niemeyer, J. Zhao, R. Channappanavar, G. Dudas, J. O. Oladipo, A. Traoré, O. Fassi-Fihri, A. Ali, G. F. Demissié, D. Muth, M. C. W. Chan, J. M. Nicholls, D. K. Meyerholz, S. A. Kuranga, G. Mamo, Z. Zhou, R. T. Y. So, M. G. Hemida, R. J. Webby, F. Roger, A. Rambaut, L. L. M. Poon, S. Perlman, C. Drosten, V. Chevalier, and M. Peiris. MERS coronaviruses from camels in Africa exhibit region-dependent genetic diversity. Proceedings of the National Academy of Sciences, 115(12):3144–3149, 2018.
  165. G. Dudas, L. M. Carvalho, A. Rambaut, and T. Bedford. MERS-CoV spillover at the camel-human interface. eLife, 7:e31257, 2018.
  166. S. M. Bell and T. Bedford. Modern-day SIV viral diversity generated by extensive recombination and cross-species transmission. PLOS Pathogens, 13(7):e1006466, 2017.
  167. N. D. Grubaugh, J. T. Ladner, M. U. G. Kraemer, G. Dudas, A. L. Tan, K. Gangavarapu, M. R. Wiley, S. White, J. Thézé, D. M. Magnani, K. Prieto, D. Reyes, A. M. Bingham, L. M. Paul, R. Robles-Sikisaka, G. Oliveira, D. Pronty, C. M. Barcellona, H. C. Metsky, M. L. Baniecki, K. G. Barnes, B. Chak, C. A. Freije, A. Gladden-Young, A. Gnirke, C. Luo, B. MacInnis, C. B. Matranga, D. J. Park, J. Qu, S. F. Schaffner, C. Tomkins-Tinch, K. L. West, S. M. Winnicki, S. Wohl, N. L. Yozwiak, J. Quick, J. R. Fauver, K. Khan, S. E. Brent, R. C. Reiner, P. N. Lichtenberger, M. J. Ricciardi, V. K. Bailey, D. I. Watkins, M. R. Cone, E. W. Kopp, K. N. Hogan, A. C. Cannons, R. Jean, A. J. Monaghan, R. F. Garry, N. J. Loman, N. R. Faria, M. C. Porcelli, C. Vasquez, E. R. Nagle, D. A. T. Cummings, D. Stanek, A. Rambaut, M. Sanchez-Lockhart, P. C. Sabeti, L. D. Gillis, S. F. Michael, T. Bedford, O. G. Pybus, S. Isern, G. Palacios, and K. G. Andersen. Genomic epidemiology reveals multiple introductions of Zika virus into the United States. Nature, 546(7658):401–405, 2017.
  168. G. Dudas, L. M. Carvalho, T. Bedford, A. J. Tatem, G. Baele, N. R. Faria, D. J. Park, J. T. Ladner, A. Arias, D. Asogun, F. Bielejec, S. L. Caddy, M. Cotten, J. D’Ambrozio, S. Dellicour, A. Di Caro, J. W. Diclaro, S. Duraffour, M. J. Elmore, L. S. Fakoli, O. Faye, M. L. Gilbert, S. M. Gevao, S. Gire, A. Gladden-Young, A. Gnirke, A. Goba, D. S. Grant, B. L. Haagmans, J. A. Hiscox, U. Jah, J. R. Kugelman, D. Liu, J. Lu, C. M. Malboeuf, S. Mate, D. A. Matthews, C. B. Matranga, L. W. Meredith, J. Qu, J. Quick, S. D. Pas, M. V. T. Phan, G. Pollakis, C. B. Reusken, M. Sanchez-Lockhart, S. F. Schaffner, J. S. Schieffelin, R. S. Sealfon, E. Simon-Loriere, S. L. Smits, K. Stoecker, L. Thorne, E. A. Tobin, M. A. Vandi, S. J. Watson, K. West, S. Whitmer, M. R. Wiley, S. M. Winnicki, S. Wohl, R. Wölfel, N. L. Yozwiak, K. G. Andersen, S. O. Blyden, F. Bolay, M. W. Carroll, B. Dahn, B. Diallo, P. Formenty, C. Fraser, G. F. Gao, R. F. Garry, I. Goodfellow, S. Günther, C. T. Happi, E. C. Holmes, B. Kargbo, S. Keïta, P. Kellam, M. P. G. Koopmans, J. H. Kuhn, N. J. Loman, N’Faly Magassouba, D. Naidoo, S. T. Nichol, T. Nyenswah, G. Palacios, O. G. Pybus, P. C. Sabeti, A. Sall, U. Ströher, I. Wurie, M. A. Suchard, P. Lemey, and A. Rambaut. Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic. Nature, 544(7650):309–315, 2017.
  169. A. Rambaut, G. Dudas, L. Max de Carvalho, D. J. Park, N. L. Yozwiak, E. C. Holmes, and K. G. Andersen. Comment on “Mutation rate and genotype variation of Ebola virus from Mali case sequences”. Science, 353(6300):658–658, 2016.
  170. S. L. M. Whitmer, C. Albariño, S. S. Shepard, G. Dudas, M. Sheth, S. C. Brown, D. Cannon, B. R. Erickson, A. Gibbons, A. Schuh, T. Sealy, E. Ervin, M. Frace, T. M. Uyeki, S. T. Nichol, and U. Ströher. Preliminary Evaluation of the Effect of Investigational Ebola Virus Disease Treatments on Viral Genome Sequences. The Journal of Infectious Diseases, 214(suppl_3):S333–S341, 2016.
  171. G. Dudas and A. Rambaut. MERS-CoV recombination: implications about the reservoir and potential for adaptation. Virus Evolution, 2(1):vev023, 2016.
  172. N. S. Lewis, C. A. Russell, P. Langat, T. K. Anderson, K. Berger, F. Bielejec, D. F. Burke, G. Dudas, J. M. Fonville, R. A. Fouchier, P. Kellam, B. F. Koel, P. Lemey, T. Nguyen, B. Nuansrichy, J. M. Peiris, T. Saito, G. Simon, E. Skepner, N. Takemae, ESNIP3 consortium, R. J. Webby, K. Van Reeth, S. M. Brookes, L. Larsen, S. J. Watson, I. H. Brown, and A. L. Vincent. The global antigenic diversity of swine influenza A viruses. eLife, 5:e12217, 2016.
  173. E. C. Holmes, G. Dudas, A. Rambaut, and K. G. Andersen. The evolution of Ebola virus: Insights from the 2013–2016 epidemic. Nature, 538(7624):193–200, 2016.
  174. J. Quick, N. J. Loman, S. Duraffour, J. T. Simpson, E. Severi, L. Cowley, J. A. Bore, R. Koundouno, G. Dudas, A. Mikhail, N. Ouédraogo, B. Afrough, A. Bah, J. H. J. Baum, B. Becker-Ziaja, J. P. Boettcher, M. Cabeza-Cabrerizo, Á. Camino-Sánchez, L. L. Carter, J. Doerrbecker, T. Enkirch, I. G.- Dorival, N. Hetzelt, J. Hinzmann, T. Holm, L. E. Kafetzopoulou, M. Koropogui, A. Kosgey, E. Kuisma, C. H. Logue, A. Mazzarelli, S. Meisel, M. Mertens, J. Michel, D. Ngabo, K. Nitzsche, E. Pallasch, L. V. Patrono, J. Portmann, J. G. Repits, N. Y. Rickett, A. Sachse, K. Singethan, I. Vitoriano, R. L. Yemanaberhan, E. G. Zekeng, T. Racine, A. Bello, A. A. Sall, O. Faye, O. Faye, N’Faly Magassouba, C. V. Williams, V. Amburgey, L. Winona, E. Davis, J. Gerlach, F. Washington, V. Monteil, M. Jourdain, M. Bererd, A. Camara, H. Somlare, A. Camara, M. Gerard, G. Bado, B. Baillet, D. Delaune, K. Y. Nebie, A. Diarra, Y. Savane, R. B. Pallawo, G. J. Gutierrez, N. Milhano, I. Roger, C. J. Williams, F. Yattara, K. Lewandowski, J. Taylor, P. Rachwal, D. J. Turner, G. Pollakis, J. A. Hiscox, D. A. Matthews, M. K. O’ Shea, A. M. Johnston, D. Wilson, E. Hutley, E. Smit, A. Di Caro, R. Wölfel, K. Stoecker, E. Fleischmann, M. Gabriel, S. A. Weller, L. Koivogui, B. Diallo, S. Keïta, A. Rambaut, P. Formenty, S. Günther, and M. W. Carroll. Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance. Nature, 530(7589):228–232, 2016.
  175. G. Dudas, T. Bedford, S. Lycett, and A. Rambaut. Reassortment between Influenza B Lineages and the Emergence of a Coadapted PB1–PB2–HA Gene Complex. Molecular Biology and Evolution, 32(1):162–172, 2015.
  176. J. T. Ladner, M. R. Wiley, S. Mate, G. Dudas, K. Prieto, S. Lovett, E. R. Nagle, B. Beitzel, M. L. Gilbert, L. Fakoli, J. W. Diclaro, R. J. Schoepp, J. Fair, J. H. Kuhn, L. E. Hensley, D. J. Park, P. C. Sabeti, A. Rambaut, M. Sanchez-Lockhart, F. K. Bolay, J. R. Kugelman, and G. Palacios. Evolution and Spread of Ebola Virus in Liberia, 2014–2015. Cell Host & Microbe, 18(6):659–669, 2015.
  177. D. J. Park, G. Dudas, S. Wohl, A. Goba, S. L. M. Whitmer, K. G. Andersen, R. S. Sealfon, J. T. Ladner, J. R. Kugelman, C. B. Matranga, S. M. Winnicki, J. Qu, S. K. Gire, A. Gladden-Young, S. Jalloh, D. Nosamiefan, N. L. Yozwiak, L. M. Moses, P.-P. Jiang, A. E. Lin, S. F. Schaffner, B. Bird, J. Towner, M. Mamoh, M. Gbakie, L. Kanneh, D. Kargbo, J. L. B. Massally, F. K. Kamara, E. Konuwa, J. Sellu, A. A. Jalloh, I. Mustapha, M. Foday, M. Yillah, B. R. Erickson, T. Sealy, D. Blau, C. Paddock, A. Brault, B. Amman, J. Basile, S. Bearden, J. Belser, E. Bergeron, S. Campbell, A. Chakrabarti, K. Dodd, M. Flint, A. Gibbons, C. Goodman, J. Klena, L. McMullan, L. Morgan, B. Russell, J. Salzer, A. Sanchez, D. Wang, I. Jungreis, C. Tomkins-Tinch, A. Kislyuk, M. F. Lin, S. Chapman, B. MacInnis, A. Matthews, J. Bochicchio, L. E. Hensley, J. H. Kuhn, C. Nusbaum, J. S. Schieffelin, B. W. Birren, M. Forget, S. T. Nichol, G. F. Palacios, D. Ndiaye, C. Happi, S. M. Gevao, M. A. Vandi, B. Kargbo, E. C. Holmes, T. Bedford, A. Gnirke, U. Ströher, A. Rambaut, R. F. Garry, and P. C. Sabeti. Ebola Virus Epidemiology, Transmission, and Evolution during Seven Months in Sierra Leone. Cell, 161(7):1516–1526, 2015.
  178. M. W. Carroll, D. A. Matthews, J. A. Hiscox, M. J. Elmore, G. Pollakis, A. Rambaut, R. Hewson, I. García-Dorival, J. A. Bore, R. Koundouno, S. Abdellati, B. Afrough, J. Aiyepada, P. Akhilomen, D. Asogun, B. Atkinson, M. Badusche, A. Bah, S. Bate, J. Baumann, D. Becker, B. Becker-Ziaja, A. Bocquin, B. Borremans, A. Bosworth, J. P. Boettcher, A. Cannas, F. Carletti, C. Castilletti, S. Clark, F. Colavita, S. Diederich, A. Donatus, S. Duraffour, D. Ehichioya, H. Ellerbrok, M. D. Fernandez-Garcia, A. Fizet, E. Fleischmann, S. Gryseels, A. Hermelink, J. Hinzmann, U. Hopf-Guevara, Y. Ighodalo, L. Jameson, A. Kelterbaum, Z. Kis, S. Kloth, C. Kohl, M. Korva, A. Kraus, E. Kuisma, A. Kurth, B. Liedigk, C. H. Logue, A. Lüdtke, P. Maes, J. McCowen, S. Mély, M. Mertens, S. Meschi, B. Meyer, J. Michel, P. Molkenthin, C. Muñoz-Fontela, D. Muth, E. N. C. Newman, D. Ngabo, L. Oestereich, J. Okosun, T. Olokor, R. Omiunu, E. Omomoh, E. Pallasch, B. Pályi, J. Portmann, T. Pottage, C. Pratt, S. Priesnitz, S. Quartu, J. Rappe, J. Repits, M. Richter, M. Rudolf, A. Sachse, K. M. Schmidt, G. Schudt, T. Strecker, R. Thom, S. Thomas, E. Tobin, H. Tolley, J. Trautner, T. Vermoesen, I. Vitoriano, M. Wagner, S. Wolff, C. Yue, M. R. Capobianchi, B. Kretschmer, Y. Hall, J. G. Kenny, N. Y. Rickett, G. Dudas, C. E. M. Coltart, R. Kerber, D. Steer, C. Wright, F. Senyah, S. Keita, P. Drury, B. Diallo, H. de Clerck, M. Van Herp, A. Sprecher, A. Traore, M. Diakite, M. K. Konde, L. Koivogui, N’Faly Magassouba, T. Avšič-Županc, A. Nitsche, M. Strasser, G. Ippolito, S. Becker, K. Stoecker, M. Gabriel, H. Raoul, A. Di Caro, R. Wölfel, P. Formenty, and S. Günther. Temporal and spatial analysis of the 2014–2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature, 524(7563):97–101, 2015.
  179. S. K. Gire, A. Goba, K. G. Andersen, R. S. G. Sealfon, D. J. Park, L. Kanneh, S. Jalloh, M. Momoh, M. Fullah, G. Dudas, S. Wohl, L. M. Moses, N. L. Yozwiak, S. Winnicki, C. B. Matranga, C. M. Malboeuf, J. Qu, A. D. Gladden, S. F. Schaffner, X. Yang, P.-P. Jiang, M. Nekoui, A. Colubri, M. R. Coomber, M. Fonnie, A. Moigboi, M. Gbakie, F. K. Kamara, V. Tucker, E. Konuwa, S. Saffa, J. Sellu, A. A. Jalloh, A. Kovoma, J. Koninga, I. Mustapha, K. Kargbo, M. Foday, M. Yillah, F. Kanneh, W. Robert, J. L. B. Massally, S. B. Chapman, J. Bochicchio, C. Murphy, C. Nusbaum, S. Young, B. W. Birren, D. S. Grant, J. S. Scheiffelin, E. S. Lander, C. Happi, S. M. Gevao, A. Gnirke, A. Rambaut, R. F. Garry, S. H. Khan, and P. C. Sabeti. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science, 345(6202):1369–1372, 2014.